I Japan er kannibalisme ikke forbudt, så det er faktisk tilladt at spise menneskekød. Det er dog svært uden at bryde loven, eftersom man skal komme i besiddelse af en anden persons kød uden at pådrage vedkommende skade - altså skal kannibalisme foregå med accept. At dræbe nogen for at spise deres kød er derfor forbudt. Ikke kun, fordi man begår mord, men også fordi man forgriber sig på en lig, hvilket er ulovligt i Japan, da det er legemsbeskadigelse. Af samme grund kan man heller ikke ligefrem sige, at kannibalisme praktiseres i Japan, selvom det er tilladt, men der har dog været hændelser med folk, der på lovlig vis har indtaget menneskekød - eksempelvis da Mao Sugiyama i 2012 tilberedte og serverede sin penis for folk, der betalte for det.
De mest kendte tilfælde af japanske kannibaler har dog brudt loven ved at indtage menneskekød, og den mest opsigtsvækkende sag er den om Issei Sagawa, der i 1981 dræbte og spiste hollænderen Renée Hartevelt i Paris. Han blev efterfølgende erklæret for sindssyg og idømt livsvarrig forvaring, men da Sagawa blev udleveret til Japan, blev han i 1986 udskrevet, da han blev erklæret for rask, hvilket var muligt, fordi han aldrig modtog en drabsdom. Issei Sagawa blev efterfølgende en form for kendis i Japan, hvor han blandt andet udgav bøger og sågar var ansat som madanmelder.
Det er dog ikke sådan, at japanerne ligefrem anerkender kannibalisme. Det har historisk set været et tabu, der stort set kun er nævnt i legender og skildringer af krig, hvor folk har været drevet på randen af sult, så det at spise andre mennesker er blevet gjort i desperation. Det seneste eksempel på dette er fortællinger fra Anden Verdenskrig, hvor udstationerede japanske soldater spiste kød fra døde kroppe, ligesom de dræbte og spiste kød og organer fra krigsfanger eller civile i de erobrerede territorier. Der er blevet registreret over 100 dokumenterede tilfælde af kannibalisme udført af japanske soldater under Anden Verdenskrig, hvilket også inkluderer sager, hvor folk ikke led af sult, så menneskekød mest fungerede som en næringskilde.
Der var også japanere, der udførte kannibalisme som følge af ordrer fra deres overordnede - såsom løjtnant Yoshio Tachibana, der i 1944 beordrede sine tropper til at dræbe og høste organer og kød fra amerikanske soldater, efter de var styrtet ned på øen Chichijima, hvor den fremtidige præsident George Bush desuden var den eneste overlevende. Der er sågar historier om japanske soldater, som har skåret kødet af folk, imens de var levende, men kannibalisme var imidlertid ikke forbudt ifølge international lov, så det at spise mennesker blev ikke anset for at være en krigsforbrydelse, og derfor blev ingen dømt for at have udøvet kannibalisme efter Anden Verdenskrig, ligesom man sjældent har talt om det, fordi det er forbundet med skam. I Japan har der ligeledes været sager om folk, der har tyet til kannibalisme grundet sult - eksempelvis under Anden Verdenskrig, hvor der gik rygter om, at familier spiste afdøde medlemmer, hvilket blandt andet blev bevist, da det kom frem, at en 17-årig pige var blevet dræbt af sin stedmor, som efterfølgende havde tilberedt liget og serveret kødet for familien.
Dog har dele fra døde mennesker historisk set været anvendt som medicin i Japan, hvor man blandt andet har benyttet tørret galdeblære til behandlingen af sygdomme. I begyndelsen af 1900-tallet dræbte seriemorderen Katsutaro Baba derfor sine ofre med det formål at sælge deres galdeblærer på det sorte marked, og helt frem til 1960'erne så man eksempler på gravsteder, der blev gravet op, så folk kunne fjerne organerne fra lig, fordi man mente, at disse havde en helbredende effekt, hvilket primært skyldes en udbredt tilknytning til naturmedicin, der tillægger visse kropsdele en bestemt effekt. Eksempelvis anses leveren for at indeholde både mod og styrke, og derfor var det da også leveren, som japanske soldater primært spiste under Anden Verdenskrig. Netop det at indtage døde menneskers rester er blevet opfattet som en måde, hvorpå man kunne opsuge en slags spirituel energi, og derfor har der også været eksempler på folk, der har spist aske fra afdøde, hvilket sågar har været en skik i visse egne efter kremeringen.
Denne skik kaldes for honekami, hvilket kan oversættes til "knoglebidning", og foregår altså ved, at man spiser knoglerester fra et kremeret lig. Selvom denne skik som sådan er afskaffet, så eksisterer selve konceptet stadig hos mange japanere, der har en opfattelse af, at de ved at indtage knoglerester kan opsuge livenergien fra en afdød. Skuespilleren Shintaro Katsu har eksempelvis indrømmet, at han spiste af sin fars rester. Dette var blandt andet også en af forklaringerne på, at Issei Sagawa valgte at slå Renée Hartevelt ihjel, så han kunne spise hende, fordi han troede, at han kunne optage hendes skønhed.