Niutsuhime-helligdommen er beliggende ved Koya-bjerget, og er som navnet antyder dedikeret til Niutsuhime, der ifølge legenden var den gud, som anlagde landbrug på Kii-halvøen ved at rydde dele af denne for bjerge. Det var ifølge en anden legende hendes søn, der ledte munken Kobo Daishi til Koya-bjerget, hvor han grundlagde Shingon-buddhismen. Den oprindelige helligdom befandt sig dengang på selve Koya-bjerget, men blev flyttet til sin nuværende lokation og var kendt for at være den vigtigste helligdom i Kii-regionen.
Shintoismen og buddhismen eksisterede side om side i flere hundrede år, men blev i slutningen af 1800-tallet adskilt via lov, og det betød blandt andet, at mange bygninger ved Niutsuhime-helligdommen blev revet ned, fordi de officielt var knyttet til Shingon-buddhismen. Der er dog endnu tegn på, at denne er blevet dyrket ved Niutsuhime-helligdommen, hvor man finder mange ældre bygninger, hvoraf flere af disse kan dateres tilbage til 1400-tallet, mens andre er blevet genopført senere. Mange af bygningerne har således status som kulturskatte, og i 2004 blev Niutsuhime-helligdommen optaget på UNESCOs liste over verdensarv.
Niutsuhime-helligdommen ligger ikke i nærheden af nogen station, men fra Kaseda station går der busser direkte til helligdommen. Turen dertil tager en halv time.