Yudono-helligdommen ligger på Yudono-bjerget, som er et af de tre hellige bjerge i Yamagata-præfekturet, der tilsammen er kendt som Dewa-Sanzan. Disse er kendt for at være de ældste tilbedte bjerge i Japan, og derfor er der mange helligdomme og templer på og omkring det, men ud af alle disse er Yudono-helligdommen den helligste af dem alle. Yudono-helligdommen er faktisk så hellig, at man ikke må tage billeder af den inderste grund, så ofte ser man kun billeder af den enorme røde torii-port, der står ved indgangen til den. Fra torii-porten skal man vandre et par hundrede meter op ad Yudono-bjerget for at komme frem til selve helligdommen, og det forholder sig faktisk sådan, at der slet ikke findes nogen hovedbygning, eftersom det er Yudono-bjerget, som helligdommen er dedikeret til. Af den grund er helligdommen egentlig bare et markeret område, hvor man kan tilbede bjerget. Det kan dog siges, at man under sit besøg skal smide skoene.
Årsagen til helligdommens hellige status skyldes, at de tre Dewa-Sanzan tilsammen repræsenterer fødsel, død og genfødsel, hvor Yudono-bjerget repræsenterer genfødsel. Traditionelt set besøger man derfor Yudono-bjerget som det sidste bjerg, hvor man altså kan opleve en slags spirituel erkendelse som en afslutning på sit besøg ved de tre bjerge. Yudono-bjerget ligger lige ved siden af Gassan-bjerget, så man kan nemt vandre dertil, men turen er kendt for at være hård, så man skal gøre brug af udstyr som stiger og kæder. Det er ikke muligt at komme direkte til Yudono-bjerget med bus, men der findes en parkeringsplads nær helligdommen, hvor man kan komme til med bil.