Yawata no Yabushirazu er navnet på en bambusskov i byen Ichikawa øst for Tokyo. Selvom der er tale om en lille skov, der kun måler 18 x 18 meter, så er denne imidlertid kendt for at være et såkaldt kinsokuchi, hvilket er betegnelsen for et sted, det er forbudt at betræde. Som regel er der tale om hellige steder, men Yawata no Yabushirazu skiller sig dog ud, idet man mener, at stedet besidder en negativ energi, der vil føre til, at man vil fare vild i skoven. Af den grund er hele skoven spærret af, mens der ud for den befinder sig en torii-port med en lille helligdom, som man har adgang til, mens man altså ikke længere kan komme ind i selve skoven. Bambusrørerne står tilsyneladende så tæt, at man nemt kan miste orienteringen i blandt dem, men oprindeligt var Yawata no Yabushirazu dog meget større og bestod også af træer, så beplantningen så sandelig gjorde det svært at finde rundt. Med tiden blev skoven tyndet ud, så den i dag kun udgøres af bambus, som blev hegnet af grundet stedets ry.
I Daisetsuzan nationalpark på Hokkaido ligger et krater kaldet Ohachidaira, der er berygtet for sine varme kilder kendt som Yudoku Onsen, hvilket direkte oversat betyder “de giftige varme kilder”. Ohachidaira er nemlig et såkaldt caldera, idet der er tale om et vulkankrater, hvor de varme kilder omvarmes af den vulkanske aktivitet i undergrunden. Men fra denne bliver imidlertid også udstødt giftige gasser, hvilket har ført til flere dødsfald, så det derfor er blevet forbudt at besøge Yudoku Onsen, eftersom man sætter livet på spil. Det er ikke farligt at befinde sig i Ohachidaira, men ved Yudoku Onsen kan luften være mættet af giftige dampe, så man i løbet af sekunder mister bevidstheden og dør. Det er derfor ikke unormalt at se døde dyr i dette område.
Under Tokyo Bugt løber en undervandstunnel, der er en del af broforbindelsen Tokyo Bay Aqua-Line, som forbinder Chiba-præfekturet med Kawasaki syd for Tokyo. Broen udgør cirka 1/3 af forbindelsen, mens resten af denne altså består af en 9,6 kilometer lang tunnel. For at kunne ventilere denne, har man midt i Tokyo Bugt opført en kunstig ø kendt som Kaze no To, hvilket direkte oversat betyder vindtårnet. På denne finder man nemlig to lænende tårne med en højde på helholdsvis 90 og 75 meter, der altså fungerer som et enormt ventilationsanlæg til tunnellen 40 meter under havets overflade. Selvom disse har et arkitektonisk udtryk, så er de imidlertid ikke attraktioner, man kan komme tæt på, idet den kunstige ø er lukket af for offentligheden, så det derfor kun er ansatte, som har adgang til denne.
Minami Iwo Jima er en 3,4 kvadratkilometer stor ø, der er en del af Bonin-øerne. Mange af disse er ubeboede, hvilket også gælder for Minami Iwo Jima, hvilket først og fremmest skyldes øens fjerne beliggenhed, der har været medvirkende til, at mennesker ikke har slået sig ned på denne. Men nu om dage er det imidlertid også forbudt at gå i land på Minami Iwo Jima, eftersom øen har fået status som et beskyttet naturområde. Man skal derfor søge om tilladelse, før man kan besøge Minami Iwo Jima, hvilket almindelige mennesker dog ikke gælder for almindelige menneskert, da det primært kun er forskere, der får lov at besøge øen, hvilket kun er sket i meget få tilfælde. Minami Iwo Jima er således et af de steder på kloden, hvor økosystemet får lov at eksistere stort set upåvirket af menneskelig aktivitet.
Ise-helligdommen er den vigtigste helligdom i Japan, idet den er dedikeret til Amaterasu, der er solgudinden inden for shintoismen. Der er sådan set tale om et enormt kompleks bestående af i alt 125 helligdomme, mens to af disse er de primære. Tilsammen er de kendt som den indre helligdom (Naiku) og den ydre helligdom (Geku), og de ligger hele fem kilometer fra hinanden. Den indre helligdom er stedet, hvor man opbevarer kamien tilhørende Amaterasu, og denne er derfor spærret af for offentligheden og kendt som et af de mest forbudte steder i verden, da almindelige mennesker ikke har adgang til grunden, hvor selve bygningerne befinder sig. Man må i stedet nøjes med at beundre tagene på disse bag et hegn, hvilket også gør sig gældende med den ydre helligdom, der er dedikeret til guden for landbrug og industri, som står for at skaffe mad til Amaterasu.
Amano Iwato-helligdommen ligger uden for byen Takachiho i Miyazaki-præfekturet og er dedikeret til solguden Amaterasu. Helligdommen er nemlig blevet opført ved grotten Ama-no-Iwato, hvor Amaterasu ifølge legenden gemte sig efter at være blevet ked af det, så hele verden blev opslugt i mørke. Der er tale om en meget gammel myte, og af samme grund er man ikke sikker på, hvornår Amano Iwato-helligdommen blev grundlagt. Oprindeligt har der muligvis blot været tale om et helligt sted, hvor man tilbad Amaterasu, hvilket med tiden førte til, at man valgte at etablere en egentlig helligdom. Denne ligger placeret afsides grotten, som det ikke er tilladt for besøgende at betræde, men man kan dog beundre grotten på afstand fra helligdommen.
Kofuner er enorme gravhøje, der før i tiden blev anlagt i Japan, og i dag er disse kendte for at være den største type gravsteder i verden, idet deres størrelse selv overgår pyramiderne i Egypten. Den absolut største kofun befinder sig i Osaka, hvor man finder den 486 meter lange og 307 meter brede Daisen-ryo Kofun, der siges at være Kejser Nintokus hvilested. Han regerede ifølge legenden fra 313 til 399, og efter hans død blev Daisen-ryo Kofun anlagt i et område med mange andre kofuner kendt som Mozu-kofunerne, hvor den blev forsynet med hele tre voldgrave. Eftersom der er tale om et gravsted, så anses grunden for at være hellig, så har folk ikke adgang til denne, og man har heller ikke foretaget arkæologiske udgravninger, hvorved det aldrig er blevet bevist, at Kejser Nintoku ligger begravet på denne.
I 1868 valgte Kejser Meiji at flytte fra Kyoto til Tokyo, hvorved Tokyo blev gjort til Japans nye hovedstad, da kejserfamilien slog sig ned på grunden, hvor Edo-borgen befandt sig. Kejserens personlige residens er et treetagers bygningskompleks opført i 1993, og selvom dele af kejserpaladsets grund i 1968 åbnede for offentligheden, så er størstedelen af den endnu den i dag lukket, så det ikke er muligt for almindelige mennesker at komme tæt på kejserfamiliens private bolig – altså paladset. To gange om året – den 2. januar og på kejserens fødselsdag – kan folk dog komme og se kejserfamilien på de såkaldte indre paladsgrunde, når de træder frem på en balkon bag skudsikkert glas i en af audiensbygningerne. Ellers er det også muligt at få en guidet rundtur i dele af de områder, der normalt er lukket af for befolkningen.
Den 11. marts 2011 blev Japans nordøstlige kyst ramt af et jordskælv og en efterfølgende tsunami, der endte med at koste mere end 18.000 mennesker livet, men i mediedækningen blev dette imidlertid overskygget af, at naturkatastrofen også førte til den værste atomulykke i Japans historie og den værste på verdensplan siden Tjernobyl-katastrofen i 1986. Jordskælvet, der havde en styrke på 9.1 på richterskalaen, resulterede nemlig i flere kernenedsmeltninger på Fukushima Daiichi atomkraftværket ved kysten i Fukushima-præfekturet, hvor radioaktiv stråling spredte sig, så store dele af området efterfølgende måtte spærres af, mens mange indbyggere måtte evakueres. Den såkaldte eksklusionszone er med tiden blevet mindre, men eksisterer stadig, så der derfor er steder, hvor folk af sikkerhedsmæssige grunde ikke har adgang, mens man andre steder kan komme på kortvarige rundvisninger i de forladte områder.
Okinoshima er en ø beliggende i Det Japanske Hav. Hele øen anses for at være hellig, idet man mener, den er hjemsted for de tre Munakata-gudinder, der vogter søfartsruten mellem Japan og Korea, og det er derfor ikke tilladt for almindelige mennesker at betræde den – og især ikke kvinder. På Okinoshima ligger en shinto-helligdom, og det er her øens eneste beboer opholder sig, idet der er tale om en shinto-præst, der sørger for at tilbede øens guder og vogte den fra udefrakommende. At gå i land på øen uden tilladelse anses for at være en lovovertrædelse og kan føre til en politianmeldelse. Øen er dog også åben for håndværkere, pressefolk, forskere og højt rangerede personligheder såsom politikere, hvis de ansøger om et besøg på forhånd.