I 1868 valgte Kejser Meiji at flytte fra Kyoto til Tokyo, hvorved Tokyo blev gjort til Japans nye hovedstad, da det traditionelt set er der, hvor kejserfamilien har hjemme. I Tokyo lå dog intet kejserpalads, så Kejseren slog sig ned på samme grund, hvor Edo-borgen lå, og hvor Tokugawa-shogunatet indtil da havde haft hovedsæde. Borgen skiftede i den anledning navn til Tokei-borgen, men året efter, da Kejseren officielt set bosatte sig i Tokyo, fik den væltede shoguns residens samtidig status som landets nye kejserpalads. Dette brændte dog ned i 1873, men blev genopført i 1888 – stadig i et traditionelt japansk design med brug af træ, mens interiøret var inspireret af Vestlig indretning. I begyndelsen af 1900-tallet blev en række bygninger af sten og beton så tilføjet til paladset, og flere af disse formåede at stå intakt efter Anden Verdenskrig, hvor Tokyo blev ramt af bombetogter – også Kejserpaladset, der blev udsat for et enkeltstående angreb i 1945. Dette endte med at ødelægge de gamle paladsbygninger af træ, og i løbet af 1960’erne opførte man derfor det nuværende kejserpalads med brug af hårdføre materialer som stål og beton. Kejserens personlige residens er dog et treetagers bygningskompleks opført i 1993, og selvom dele af kejserpaladsets grund i 1968 åbnede for offentligheden, så er størstedelen af grunden endnu den i dag lukket, så det ikke er muligt for almindelige mennesker at komme tæt på kejserfamiliens private bopæl.
To gange om året – den 2. januar og på kejserens fødselsdag – kan folk dog komme og se kejserfamilien på de såkaldte indre paladsgrunde, når de træder frem på en balkon bag skudsikkert glas i en af audiensbygningerne. Ellers er det også muligt at få en guidet rundtur i dele af de områder, der normalt er lukket af for befolkningen, hvilket tilbydes i tidsrummet 10.00-13.30 fra tirsdag til lørdag. Dog har man kun mulighed for at se enkelte bygninger, som man desuden kun kan betragte udefra, da man ikke har adgang til dem.