Under Anden Verdenskrig var havnebyen Nagasaki et vigtigt område i forbindelse med Japans krigsførelse, da mange firmaer her producerede materialer, der blandt andet blev anvendt til våben og maskiner. Dette gjorde derfor Nagasaki til et mål for den anden atombombe, da USA kastede en sådan over byen den 9. august 1945, hvorved den blev jævnet med jorden - kun tre dage efter, at Hiroshima var blevet udslettet af det, der blev verdens første atombombeangreb.
Selvom dette havde til formål at skræmme Japan til at overgive sig, så havde det nemlig den modsatte effekt, idet det i stedet øgede japanerne kamplyst. Og derfor så USA sig nødsaget til at foretage endnu et angreb på Japan, idet man på forhånd havde udformet en liste med fem mulige mål, hvilket oprindeligt drejede sig om Hiroshima, Kokura, Niigata, Yokohama og Kyoto, som dog blev fjernet fra listen og erstattet med Nagasaki, mens Yokohama og Niigata fik lavest prioritet, så det derfor var Hiroshima, Kokura og Nagasaki, man primært gik efter at ramme. Øverst på listen stod Hiroshima, som derfor også var den første by, der blev udsat for et atombombeangreb, hvilket forløb som planlagt, da dette fandt sted den 6. august 1945.
Tre dage senere gik man så efter Kokura, da bombeflyet Bockscar blev sendt på vingerne fra øen Tinian i Stillehavet med atombomben kaldet Fat Man ombord. En lille gruppe fly fløj dog i forvejen og fik til opgave at besigtige vejrforholdene, som viste sig at være ugunstige, for da Bockstar ankom til Kokura, var sigtbarheden så dårlig, at det ikke var muligt at få øje på byen bag skydækket. Angrebet blev derfor afblæst, da piloten ændrede kurs og fløj videre til Nagasaki, som var det sekundære mål, og da det hér viste sig, at vejret var klart, besluttede man sig for at foretage et angreb. Mens Bockscar fløj over byen, blev Fat Man derfor aktiveret og kastet ud over denne klokken 11.02, hvorefter den eksploderede i 469 meters højde, hvilket udløste et enormt lysglimt efterfulgt af et lufttryk, der på ingen tid fik blæst Nagasakis bygninger i ruiner, mens mellem 22.000 og 75.000 mennesker blev dræbt på stedet, hvoraf majoriteten af disse var civile. Antallet af ofre steg dog, idet folk efterfølgende omkom af deres skader eller den radioaktive stråling, som byen samtidig blev udsat for, og de led dermed en smertefuld død, fordi man ikke vidste, hvordan man skulle behandle dem.
I Nagasaki advarede man faktisk indbyggerne om angrebet via en luftalarm, allerede da man opdagede de to fly på vej mod Kokura om morgenen, men da de ikke foretog noget angreb, antog man dem for at være ufarlige, da man igen fik øje på dem kort inden klokken 11. På dette tidspunkt var der derfor tale om normal aktivitet i byen, hvor ingen nåede at søge i dækning, før de blev ramt af et masseødelæggelsesvåben, som ingen havde mulighed for at flygte fra. Før da var Nagasaki ikke blevet udsat for større angreb, men den 1. august var byen dog blevet ramt af en bombe, hvilket havde ført til, at nogle af indbyggerne var blevet evakueret til et landområde, og de formåede således at overleve atombomben lidt over en uge senere.
Atombomben over Nagasaki var kraftigere end den over Hiroshima, og modsat angrebet på Hiroshima så forstod man denne gang, hvad der var sket, da nyheden om angrebet på Nagasaki nåede til Tokyo. En tredje atombombe var egentlig klar til at blive kastet over den japanske hovedstad, i tilfælde af at Japan fortsat agtede at vise modstand, men denne blev aldrig aktuel, idet man nu erkendte, at USA kunne lægge landet i ruiner, og Japan valgte derfor at anerkende sit nederlag ved at overgive sig den 15. august, hvorved der blev sat punktum på Anden Verdenskrig, som blev bragt til en ende med den formelle underskrivelse af kapitulationsdokumentet den 2. september. Nu hvor verden havde fået kendskab til atombomber, varede det heller ikke længe, før disse spredte sig til andre lande, men eftersom man havde bevidnet deres skræmmende styrke, blev det med tiden besluttet at begrænse eller helt forbyde brugen af atomvåben i krig, så det i dag kun er ganske få nationer, som er i besiddelse af atomvåben.
Atombomben i Nagasaki blev således den sidste, der nogensinde er blevet anvendt i krig, og efter krigens afslutning blev byen genopbygget, så der i dag er tale om en moderne storby, hvor der kun er ganske få spor efter atombombeangrebet, hvilket eksempelvis drejer sig om en halveret torii-port ved Sanno-helligdommen. Mens størstedelen af byen var blevet jævnet med jorden, formåede en anden af helligdommens torii-porte dog at stå intakt, hvorved den blev et symbol på katastrofen, men denne blev desværre ødelagt under en trafikulykke i 1962. Selvom man i Nagasaki har formået at lægge sin tragiske fortid bag sig, så har man dog ikke glemt denne, idet man derimod har gjort atombomben til en del af byens identiet. Her er derfor både en mindehal dedikeret til ofrene for denne, samt et museum, hvor man bliver informeret om angrebet og dets konsekvenser. Stedet, hvor atombomben sprang, er nu en fredspark, og hér finder man blandt andet en statue, der opfordrer til fred mellem mennesker ved at pege mod himlen, hvor atombomben faldt, som en evig påmindelse om de rædsler, som krig fører med sig.
Indbyggere i både Hiroshima og Nagasaki blev mærket af atombomben efter krigen på mange måder, da den radioaktive stråling fik langvarige helbredskonsekvenser i form af blandt andet deformiteter og øget kræftrisiko. I dag er den radioaktive stråling i de to byer på et normalt niveau, så det er ufarligt at bo i disse, men i Japan har stråleramte personer og deres efterkommere dog mødt udstødelse fra samfundets side, hvilket har svækket deres sociale status. Det har eksempelvis medvirket til, at mange har undladt at stå frem som ofre, hvilket også inkluderer dem, som var heldige nok til at overleve begge atombomber, og man ved derfor ikke, hvor mange det drejer sig om. Et ukendt antal personer opholdt sig nemlig i Hiroshima og derefter Nagasaki, imens de to byer blev udsat for et atombombeangreb - altså havde de overlevet det første i Hiroshima, hvorefter de rejste til Nagasaki. Nogle omkom i det andet angreb, mens andre ligeledes formåede at overleve dette, men det er kun en enkelt person, som for det første har stået frem, og for det andet har kunnet bevise dette, hvilket var manden Tsutomu Yamaguchi, der boede i Nagasaki, som han vendte tilbage til efter at have overlevet atombomben i Hiroshima, hvor han befandt sig under en forretningsrejse.
Atombomben var trods alt også et angreb i en krig, hvor Japan havde spillet en dominerende rolle og stået bag et utal af uhyrligheder i andre asiatiske lande. Nogle betragter derfor atombomben for at være gengæld for disse, og de har dermed også svært ved at opfatte japanerne som ofre, idet mange mener, at de var skyld i deres egen ulykke, fordi at civile blev udpeget som mål, præcis som japanerne gik efter civile under deres invasioner. Af den grund bliver fredsmonumenterne i både Hiroshima og Nagasaki jævnligt udsat for vandalisme som en slags protest og påmindelse om de rædsler, som japanerne udsatte andre for, før de selv fik disse at føle.