Heian-helligdommen blev grundlagt i Kyoto i 1895, men dengang var der dog ikke tale om en helligdom, hvilket bygningernes særprægede design også afslører, for oprindeligt havde man planlagt at bygge en kopi af Kyotos gamle kejserpalads, Heian-paladset, for at fejre, at det var 1100 år siden, at byen blev gjort til Japans hovedstad. Dette kunne dog ikke lade sig gøre, fordi man ikke kunne opkøbe den originale grund, så man besluttede sig for at bygge en mindre udgave af paladset på stedet, hvor bygningerne den dag i dag befinder sig. Senere blev rekonstruktionen af Heian-paladset gjort til en shinto-helligdom dedikeret til Kejser Kanmu, der var den første Kejser til at regere fra Kyoto, og i 1940 blev helligdommen ligeledes dedikeret til Kejser Komei, der var den sidste kejser til at regere fra Kyoto. Hans søn, Kejser Meiji, flyttede til Tokyo, der dermed blev Japans nye hovedstad i 1868.
Store dele af helligdommen udbrændte i 1976, og den blev da genopbygget i årene efter, hvilket altså vil sige, at der er tale om forholdsvis nye strukturer. Helligdommen er nem at få øje på grundet sine rødlige farver, samt den store torii-port i samme nuance, som befinder sig ved dens indgang. Dette er en af de største torii-porte i Japan. Med til Heian-helligdommen hører også en have, der udgør halvdelen af grunden. Denne er især populær for japanere at besøge sidst i kirsebærblomstringsperioden, fordi kirsebærtræerne her blomstrer senere end normalt. Heian-helligdommen har et gigantisk åbent område, der årligt ligger grund til en af de mest populære festivaler i Kyoto, ligesom koncerter ofte bliver holdt der. Ligesom med Meiji-helligdommen i Tokyo (der er dedikeret til Kejser Meiji), så er det også populært at holde traditionelle shinto-bryllupper i Heian-helligdommen.
Heian-helligdommen ligger i det nordøstlige hjørne af Kyoto. Den nærmeste station er Higashiyama med undergrundsbanen, hvorfra der er cirka ti minutters gang.