Zakimi-borgen blev opført på Okinawa i begyndelsen af 1400-tallet, før Ryukyu-folket blev samlet under et fælles kongerige. På Okinawa eksisterede der derfor separate klaner, som opførte borge som værn, og Zakimi-borgen var eksempelvis knyttet til Chuzan-domænet, der ligeledes besad Yamada-borgen, som dog blev lagt i ruiner, da dele fra denne blev anvendt under opførelsen af Zakimi-borgen. Meningen med denne var at forsvare sig mod det nordlige domæne, men da Okinawa blev samlet under Kongeriget Ryukyu, blev mange borge overflødige, og de blev derfor forladt og endte med at blive lagt i ruiner. Dette inkluderede også Zakimi-borgen, der i dag ikke er andet end stenmure.
Efter Anden Verdenskrig var Okinawa okkuperet af USA, og det amerikanske militær anlagde derfor en radarstation på borggrunden, hvor man rev dele af murværket ned. Dette blev senere genopført, da radarstationen blev fjernet, og stedet er i dag åbent for offentligheden, som har mulighed for at betragte de historiske efterladenskaber fra fortiden. I 2000 blev Zakimi-borgen optaget på UNESCO's liste over verdensarv.
For at komme frem til Zakimi-borgen kan man tage en bus fra Naha, hvilket tager knap halvanden time.