Den 24. juli 1989 blev politiet på Hokkaido gjort opmærksomme på, at to mandlige vandrere ikke var vendt tilbage fra en tur i Daisetsuzan-bjergene, hvilket resulterede i, at man valgte at igangsætte en eftersøgning af dem. Da en redningshelikopter fløj over bjergene og fik øje på et gigantisk SOS, der var blevet udformet med brug af træstrammer, lykkedes det dermed at finde frem til de to vandrere, der begge var i god behold. Det viste sig dog, at det ikke var dem, der havde fremstillet det store SOS, så da man igen gennemsøgte området, fandt man en lejr med menneskeknogler, som viste sig at stamme fra en mand, samt en båndoptager, hvor han råbte om hjælp. Det er aldrig blevet forklaret, hvordan manden havde kræfterne til at udforme et SOS med brug af træstammer, men alligevel ikke kunne begive sig bort fra området, hvor han åbenbart døde af sult.
Den 26. april 2015 gennemgik en ansat opbevaringsskabene på Tokyo station, hvor vedkommende fandt en gul kuffert, som var blevet efterladt i et ulåst skab. Denne blev derfor bragt med til stationens hittegodskontor, men da der efter en måned endnu ikke var ingen, som var kommet for at hente kufferten, valgte personalet at åbne den, hvorved de fandt ud af, at den indeholdt liget af en ældre kvinde. Man kunne dog ikke fastslå hverken dødsårsagen eller identiteten, og overvågningsfilmene fra stationen var for længst blevet slettet, så man fandt heller aldrig ud af, hvem der havde efterladt kufferten med liget. Og således fik men ikke svar på, om der var tale om en forbrydelse eller et naturligt dødsfald, som blev forsøgt skjult.
Den 26. oktober 2015 blev en 10-årig dreng fundet død på en bakke i byen Hino vest for Tokyo. Politiet konkluderede først, at der var tale om et selvmord, eftersom drengen havde et reb bundet om halsen, hvilket var viklet om en træstamme på toppen af bakken. Drengen befandt sig imidlertid længere nede på bakken, der havde en 30 graders hældning, så han altså lod til at være kvalt ved at være gledet ned ad bakken. Drengen var desuden nøgen, ligesom både hans hænder og fødder var bundet fast. Hvis dette så sandelig var et selvmord, så var der altså tale om et yderst avanceret et af slagsen, så det blev i stedet konkluderet, at man havde at gøre med en ulykke, selvom omstændighederne stadig virkede gådefulde.
Myojo 56 var navnet på et højhus beliggende i Kabukicho i Shinjuku i Tokyo, hvor der den 1. september 2001 udbrød brand klokken 1 om natten, mens bygningen var fyldt med folk, der var kommet for at underholde sig i nogle af de faciliteter, der befandt sig i bygningen, hvilket inkluderede en spillehal og stripklub. Ilden kostede 44 mennesker livet, og der var dermed tale om en af de værste brande i efterkrigstidens Japan. Man kunne dog ikke konkludere, om denne var påsat eller ej, for ilden startede ved en elevator, hvor der umiddelbart ikke var noget, der kunne selvantænde, så politiet mistænkte derfor, at branden kunne være påsat, hvilket i så fald ville gøre den til det værste massemord i Japan i efterkrigstiden.
Varig Flight 967 var et fragtfly, som den 30. januar 1979 lettede fra Narita Lufthavn nær Tokyo med kurs mod Los Angeles, hvorfra turen skulle gå videre til Rio de Janeiro. Turen endte dog kort efter, at den var begyndt, for en halv time inde i flyvningen mistede man pludselig al kontakt til flyet, der aldrig nåede frem til sin destination, hvorved det blev meldt savnet. En eftersøgning bragte imidlertid intet med sig, og ingen spor efter flyet er nogensinde blevet fundet, men man formoder, at det må være styrtet ned et sted i Stillehavet ud for Japans kyst, så vraget dermed befinder sig på havets bund. Man har bare aldrig fundet ud af hvorfor, ligesom man ikke har formået at finde en eneste vragstump fra flyet, og eftersom Varig Flight 967 var af typen Boeing 707-323C, er det dermed det største fly, der er forsvundet, uden at man har fundet spor efter det.
Et af de største succesfulde bankrøverier i Japans historie fandt sted i Tokyo den 10. december 1968, hvor en pengetransport forlod en bank med lige godt 300 millioner yen, som skulle leveres til en Toyota-virksomhed, hvor de skulle udbetales som bonusser. På vejen blev pengetransporten dog stoppet af en uniformeret mand med en politimotorcykel, der fortalte, at pengetransporten var et mål for en bombe, og da han undersøgte bilens underside for sprængstoffer, begyndte det pludselig at ryge fra bilen, hvilket fik de fire medarbejdere til at forlade denne. Manden steg da ind i pengetransporten og kørte afsted med denne, hvorved det viste sig, at der i virkeligheden var tale om et røveri, idet han havde anvendt et nødblus til at fremkalde røgen. Der var tale om en falsk politimand, og det ægte politi kom aldrig på sporet af vedkommende, hvis identitet aldrig er blevet afsløret.
I 2001 boede 58-årige Masahiro Yamigami i byen Sera i Hiroshima-præfekturet med sin kone, Junko, og hans mor, Saegusa. Familien bestod desuden af Masahiro og Junkos datter, Chie, der boede alene, men den 3. juni skulle hun dog besøge sine forældre, og dette var det sidste, som nogen så til et af de fire familiemedlemmer. Dagen efter mødte Junko nemlig ikke på arbejde, og da hendes kolleger forsøgte at komme i kontakt med hende, viste det sig, at hele familien Yamigami var forsvundet uden at efterlade sig spor. Dog manglede deres bil og pyjamasser, mens deres sko stadig stod i entreen, så noget tydede på, at hele Yamigami-familien havde forladt huset ret impulsivt lige inden sengetid, men ingen vidste hvorfor. Året efter lokaliserede man så familiens bil i et vandreservoir nær deres hjem, hvor man fandt de fire personer og deres hund døde. Man fandt dog aldrig ud af, om der var tale om en forbrydelse, et gruppeselvmord eller et mordselvmord begået af Masahiro, som befandt sig på førersædet.
Om morgenen den 9. juni 1991 tog fem drenge fra Kawasaki ud for at lege sammen i Shimogawara Park indtil tidligt på aftenen, hvor tre af drengene vendte hjem for at spise aftensmad. To af drengene, der var henholdsvis 12 og 7 år gamle, vendte imidlertid ikke hjem, og de blev derfor efterlyst. De to drenge blev dog fundet døde i en skov den 2. september – mere end to måneder efter, de sidst var blevet set i live, idet man havde fulgt deres færden til Kimitsu, hvor de både var blevet set spise og lege. Liget af den ældste dreng befandt sig cirka 25 meter fra liget af den yngste dreng, men der var ingen skader på deres kroppe, som kunne bekræfte, om de var blevet udsat for et overfald. Ud fra politiets efterforskning konkluderede man derfor, at de for vild i bjergene og omkom af sult, men det er en gåde, hvorfor de i det hele taget stak af hjemmefra – blot for at miste livet i naturen.
I 1984og 1985 blev flere japanske fødevareproducenter udsat for afpresning af en gruppe personer, der kaldte sig selv for “Kaijin Nijuuichi Menso” (Monsteret med de 21 ansigter) – et pseudonym hentet fra Edogawa Rampos kriminalromaner, hvori der optræder en skurk, som går under dette navn. Monsteret med de 21 ansigter påstod eksempelvis at have forgiftet sendinger med slik, hvilket viste sig at være korrekt, da man to gange fandt produkter på butikshylderne indeholdende gift. Det er dog aldrig blevet opklaret, hvem Monsteret med de 21 ansigter var, og hvorfor denne gruppe af personer udså sig japanske fødevarevirksomheder og tilmed satte almindelige borgeres liv i fare i forsøget på at afpresse dem. Monsteret med de 21 ansigter indstillede nemlig sine aktiviteter lige så brat som de var begyndt, og ingen har nogensinde tilstået at have været en del af gruppen, der således er omgærdet af mystik.
Den 29-årige Kotaro Yoshizato stod bag et hemmeligt pædofilinetværk kendt som Petit Angel, hvor pædofile kunne købe børnepornomateriale eller sex med mindreårige. Børnene udså Kotaro sig blandt andet i Shibuya-distriktet i Tokyo, hvor han i 2003 fik lokket tre mindreårige piger hjem til sin lejlighed, hvor han lænkede dem fast og holdt dem fanget. Det er dog aldrig blevet afsløret, hvad Kotaro havde i sinde at gøre med de tre piger, for han valgte nemlig at tage livet af sig selv, hvorefter de lykkedes en af pigerne at flygte og slå alarm. Da politiet gennemsøgte Kotaros ejendele, fandt man dog en bog med navnene på hans kunder, men da de fleste viste sig at være falske, lukkede man sagen uden at efterforske denne nærmere, og det pædofile netværk, som Kotaro Yoshizato var en del af, blev aldrig optrævlet, hvilket har fået folk til at spekulere i, at hans kunder inkluderede prominente og magtfulde mænd.