Japan er et naturrigt land med mange vilde dyr, men det er samtidig et folkerigt land, hvor der lever millioner af mennesker, så det kan nærmest ikke undgås, at mennesker og dyr nu og da støder sammen - enten i byen eller naturen. Dyreangreb i Japan er dog sjældne, og der er generelt ikke så mange trusler, man skal vogte sig mod, når man begiver sig udenfor, eftersom det menneskelige samfund fører til langt flere dødsfald end naturen. Alligevel bør man være opmærksom, når man bevæger sig ud i Japan, hvor der trods alt findes dyr, som kan slå et menneske ihjel.
I Japan findes der bjørne, og landets største landlevende pattedyr er den brune bjørn, der kun lever på Hokkaido, mens der på Honshu og Shikoku lever kravebjørne. Disse bliver som regel opfattet som den største trussel mod mennesker i Japan grundet deres størrelse og graden af kvæstelser, som et angreb kan føre med sig. At støde på en bjørn i naturen er derfor noget, som skræmmer mange, men det forholder sig sådan, at det typisk kun er ældre mennesker, der bliver slået ihjel af bjørne i Japan, fordi de er for svage til at kæmpe imod og for langsomme til at flygte. Angreb sker desuden mest i naturen, hvor folk bevæger sig ind på bjørnenes territorium, men det hænder dog også, at bjørne bliver lokket til byer, fordi de er sulte, og hér kan det altså ske, at de går til angreb på mennesker.
I gennemsnit bliver 3 japanere dræbt som følge af de mere end 50 bjørneangreb hvert år. Det var dog først i 2008, man begyndte at føre en national statistik over bjørneangreb i Japan, så dette tal er altså baseret på nyere data, eftersom bjørne stod bag langt flere dødsfald før i tiden, hvor der var flere af dem. Mens der nogle år slet ikke bliver registreret dødsfald, er der andre år, hvor op til flere personer bliver slået ihjel af bjørne - i visse tilfælde af et enkelt individ. Japans værste bjørneangreb fandt dog sted tilbage i 1915, da syv mennesker blev dræbt af den samme bjørn, men så sent som i 2016 mistede 4 mennesker livet under flere bjørneangreb i det samme område, mens man i 2025 registrerede det højeste antal dødsofre som følge af bjørneangreb, siden man begyndte at føre national statistik over disse.
Det farligste dyr i Japan er dog et insekt - nemlig hvepsen, der i gennemsnit er skyld i mere end 15 dødsfald i Japan hvert år. Dette skyldes, at hvepse ikke taber deres brod, når de stikker, så de derfor kan angribe ad flere omgange, ligesom de endda kan gøre dette i flok, så man simpelthen kan risikere at få en overdosis, selv hvis man er et rask menneske. Dog er det som regel ældre, børn eller folk med et svækket helbred, der omkommer af hvepseangreb, men er man så uheldig at blive stukket i munden, kan dette også føre til, at man får vejrtrækningsproblemer og omkommer. Hvepse holder desuden både til i naturen og i byer, men i byer har man i det mindste mulighed for at søge tilflugt, mens man i naturen ikke altid kan flygte fra en arrig hveps eller en hel sværm. Bier udgør også en trussel mod mennesker, men eftersom de mister deres brod efter at have stukket en enkelt gang, skal der som regel mere end ét stik til at tage livet af et menneske - medmindre man er uheldig eller oplever en allergisk reaktion. Snylterinsekter såsom myg og tæger kan også føre til dødsfald, men det er fordi, at disse medfører sygdomme, så de er som sådan ikke dødelige, selvom de ganske vist er farlige.
I Japan findes også slanger, og en håndfuld af disse er giftige. Dog skal man igen være et barn, ældre eller have et dårligt helbred, før et enkelt bid vil resultere i dødsfald, men dette kan ikke desto mindre medføre vævsskader, der i værste fald kan være dødbringende. Som regel bider slanger kun en enkelt gang, så det er muligt for de fleste at søge hjælp og modtage behandling, og derfor er dødsfald som følge af slangebid i Japan sjældne - faktisk er der større risiko for at blive dræbt af en bjørn. Og så er bjørne desuden det eneste vilde pattedyr, der udgør en reel trussel mod mennesker, eftersom japanske ulve er blevet udryddet, mens aber, hjorte og vildsvin kan være livsfarlige, men i meget sjældne tilfælde slår mennesker ihjel, selvom angreb finder sted i både byer og i naturen.
Japan er dog også omgivet af hav, hvor der findes trusler, og selvom der ellers lever flere typer af hajer i de japanske farvande, så har disse sjældent ført til dødsfald, selvom der nu og da registreres angreb på både dykkere, surfere og fiskere. Der hersker også en myte om, at pindsvinefisken fugu er verdens giftigste fisk, hvilket dog ikke er tilfældet, da dette er stenfisken. Fugu er ikke desto mindre giftige, men dødsfald skyldes som regel, at fisken er en delikatesse i Japan, hvor man derfor skal have tilladelse til at tilberede og servere denne, så folk der dør af at spise fugu er som regel amatørfiskere. Og de har om ikke andet selv valgt at indtage en giftig fisk, hvilket ikke er ensbetydende med, at den ligefrem er farlig.
Langs de japanske kyster findes dog også flere typer af giftige gopler - heriblandt arten Chironex yamaguchii, der lever ved Okinawa-øerne, hvor denne har ført til dødsfald blandt badegæster. Eftersom man befinder sig i vand, når man bliver stukket, kan man nemlig gå i chok og drukne, så det er altså ikke altid giften, der er dødbringende, men bliver man viklet ind i en goples tråde, kan effekten skam være dødelig.