Aogashima er en vulkanø, som er en del af Izu-øerne i Stillehavet. Det vides ikke, hvornår folk begyndte at slå sig ned på øen, men den var i 1780’erne hjemsted for 327 mennesker, da øens vulkan begyndte at blive aktiv. Dette resulterede i flere udbrud, der eskalerede med et voldsomt et af slagsen den 18. april 1975, hvor hele Aogashima blev indhyllet i en tyk askesky, der gjorde det svært at evakuere øens beboere med de få både, man kunne sende dertil fra naboøerne. Der opstod derfor panikagtige tilstande på havnen, hvor folk sprang op på bådene og klamrede sig til disse, så de var i fare for at synke. Det påstås tilmed, at man blev nødt til at hugge hænderne af folk, fordi de ikke ville give slip, og i sidste ende måtte man sejle bort med i alt 109 personer, mens endnu flere blev efterladt på Aogashima, hvor omkring 140 mennesker blev overladt til den visse død, idet de alle omkom som følge af det igangværende vulkanudbrud.
Den 7. december 1944 blev Honshus sydøstlige kyst ramt af et jordskælv, der havde en styrke på 8.1 på momentmagnitudeskalaen. De voldsomme rystelser fik mere end 25.000 bygninger til at styrte sammen, og værst gik det ud over de nærmeste præfekturer: Aichi, Shizuoka og Mie, hvor også størstedelen af de 1223 dødsofre befandt sig. Eftersom jordskælvet opstod under havets overflade, så udløste dette også en serie af tsunamier, hvoraf den største af disse nåede en højde på 9 meter. Dette var dog under Anden Verdenskrig, hvor Japan var beskæftiget med konflikten mod USA, så de overlevende fik kun begrænset hjælp, mens hele katastrofen blev fortiet af frygt for, at historien ville give opfattelsen af, at Japan var svækket som nation.
I sommeren 1983 blev Shimane-præfekturet ramt af store mængder nedbør, som endte med at koste 117 mennesker livet, hvoraf størstedelen af disse blev dræbt under nogle af de værste jordskredsulykker i efterkrigstiden. Det stod værst til den 23. juli, da den største mængde nedbør blev målt i Shimane-præfekturet, hvor der i visse egne blev målt 90 millimeter på en time, mens nedbøren flere steder rundede 500 millimeter i løbet af fire døgn, hvilket var mere, end man nogensinde havde registreret i hele præfekturet. Regnmængderne førte til store oversvømmelser og utallige jordskred, som endte med at begrave hundredvis af bygninger, så i alt 91 mennesker mistede livet, mens yderligere 26 blev dræbt af selve oversvømmelserne.
Den 2. december 1611 opstod et undersøisk jordskælv ud for Japans nordøstlige kyst kendt som Sanriku, hvilket udløste en enorm tsunami, der nogle timer senere ramte land på en strækning fra Miyagi-præfekturet og helt frem til Hokkaido, hvilket svarer til en afstand på cirka 1500 kilometer. Tsunamien nåede sit højeste i Iwate-præfekturet, hvor den havde en højde på omkring 20 meter, og med sig førte den stor ravage, eftersom den både lagde byer i ruiner og ødelagde vigtige havneområder. Tusindvis af hjem blev jævnet med jorden eller slæbt med ud i havet, da vandet trak sig tilbage, og da katastrofen omsider var overstået, havde over 5000 mennesker mistet livet – heraf mange af de indfødte Ainuer på Hokkaido.
I det japanske hav ligger vulkanøen Oshima, det med en størrelse på 10 km2 er den største ubeboede ø i Japan. Den vulkanske aktivitet er begrænset, men Oshima stod dog en af de værste vulkanrelaterede katastrofer i Japans historie, da vulkanen i 1741 gik i udbrud, hvilket satte gang i en tsunami i det japanske hav, der endte med at koste over 2000 mennesker livet. Udbruddet begyndte den 18. august, og den 29. august kollapsede vulkanen så, hvilket igangsatte en gigantisk tsunami, der spredte sig i det japanske hav, tsunamien var så omfattende, at det menes at være den største, der nogensinde er blevet registreret i her. Der er dog uvished om, hvorvidt et vulkanudbrud alene kunne udløse en så stor tsunami, idet der også er den mulighed, at denne i virkeligheden var et resultat af et jordskælv, og at det også var dette, der fik vulkanen til at kollapse.
På Hokkaido ligger Oku-Niikappu-dæmningen, der blev opført i Hidaka-bjergene fra 1959 til 1963, hvor 58 arbejdere endte med at miste livet, hvoraf 24 af disse omkom i arbejdsulykker, mens 34 mistede livet i to separate laviner, der dog opstod på samme dag i 1961. Med anlæggelsen af en dæmning var der nemlig hundredvis af arbejdere fordelt rundt i bjergene, hvor en lavine opstod den 5. april nær Saru-floden, hvor 12 mænd endte med at omkomme. Blot to timere senere ramte endnu en lavine nær Niikappu-floden, hvor 22 mænd blev dræbt, så 34 personer således mistet livet, hvilket gjorde dette til den værste lavineulykke i Japan i efterkrigstiden.
Den 28. august 1899 blev Japan ramt af en tyfon, der tog turen henover Shikoku og videre op over Chugoku-regionen, inden den med tiden døde ud over det japanske hav. Skaderne var størst i Kagawa-præfekturet på Shikoku, hvor tusindvis af hjem blev lagt i ruiner, så folk blev mast ihjel. Over 300 mennesker endte derfor med at miste livet i Kagawa-præfekturet, men selvom man hér oplevede de største ødelæggelser, så var dødstallet faktisk højere i nabo-præfekturet Ehime. Dette skyldes, at tyfonen bragte store mængder nedbør med sig, hvilket resulterede i oversvømmelser såvel som jordskred, og det var lige netop en kombination af dette, der var skyld i intet mindre end 513 menneskers død, da kobberminen i byen Besshi blev ramt af et gigantisk jordskred som følge af de usædvanlige regnmængder.
Torishima er en vulkanø, som er en del af Izu-øerne i Stillehavet. I 1887 blev øen befolket af fuglejægere, som slog sig ned på øen, hvor de boede i 15 år, før samtlige 125 af Torishimas beboere blev udslettet i 1902, da øens vulkan, Io, gik i udbrud. Dette skete nemlig i form af en gigantisk eksplosion, der fik hele vulkanens krater til at kollapse, hvorved en gigantisk sky af aske og klippestykker blev slynget ud over øen og lagde denne fuldkommen øde, så det var umuligt for de 125 beboere at søge tilflugt eller flygte, før det var for sent. Eftersom Torishima er en isoleret ø, så ved man dog ikke, hvornår udbruddet skete, for dette blev først opdaget, da et skib sejlede forbi øen den 10. august, hvorpå man fandt alle dens indbyggere døde.
Den 27. april 1971 brød en skovbrand ud i bjergene nær byen Kure i Hiroshima-præfekturet. Denne var dog menneskeskabt og startede, da en medarbejder valgte at antænde et bål ved et vandværk, hvor nogle gløder blev opfanget af vinden, hvilket startede en naturbrand. Op mod 2000 brandfolk deltog i slukningsarbejdet, og ilden blev slukket, præcis et døgn efter den var startet, mens den havde fortæret et areal på 340 hektar. Men selvom man havde forhindret skovbranden i at sprede sig til beboede egne, så havde katastrofen ikke været uden konsekvenser, for 17 brandfolk var nemlig blevet fanget i flammerne, hvor de havde mistet livet, mens en 18. endte med at omkomme af sine forbrændinger få dage senere.
Den dødeligste tyfon, der nogensinde har ramt Japan, var Ansei Edo-tyfonen, der passerede over Kanto-regionen mellem den 23. og 24. september 1856, hvilket efter sigende kostede omkring 100.000 mennesker livet. Dette skyldtes, at tyfonen ramte nutidens hovedstadsområde, der selv på dette tidspunkt var et stort metropolområde med millioner af indbyggere. Det høje dødstal skyldtes, at man i ugerne inden havde oplevet enorme mængder nedbør, så der opstod store oversvømmelser, og eftersom de fleste japanere ikke kunne svømme, druknede de i disse. Det er dog udelukkende en formodning, at op mod 100.000 mennesker omkom, da der ikke blev foretaget officielle registreringer af antallet af dødsofre, men det er ikke desto mindre muligt, at så mange mistede livet, idet datidens Tokyo blev raseret.