I Japan er incest ikke forbudt, og dette betyder, at emnet ikke er lige så tabubelagt som i mange andre lande. Incest har blandt andet været udbredt i den japanske kejserslægt samt i myter, hvor beslægtede guder har fået børn sammen. Nu om dage er incest eksempelvis et populært tema inden for hentai (erotiske tegneserier og tegnefilm), så udadtil kan det virke som om, at man i Japan accepterer incest, og at dette virker temmelig udbredt. Dog skal man huske på, at man i kunstens verden ofte eksperimenterer med fantasier, så grunden til, at der er så meget fokus på incest i tegneserier og tegnefilm, er kort sagt, fordi det er tilladt - ikke fordi det er udbredt. Men incest dyrkes nu en gang i Japan, ligesom i alle andre lande, og da det er forbudt i store dele af verden, så er det svært at foretage analyser af omfanget, hvilket også gør sig gældende for Japans vedkommende, idet der ikke eksisterer tal på, hvor mange der har været udsat for incest. Dog er betegnelsen "udsat" også misvisende, for incest er kun tilladt, hvis der er tale om gensidig accept, for hvis det kun er den ene part, der tilkendegiver sin accept, så er der derimod tale om et overgreb, hvilket er ulovligt.
Incest indebærer seksuelt samkvem mellem nære familiemedlemmer, og mens dette er tilladt i Japan, så er ægteskab imidlertid ikke, idet det nærmeste forhold, man kan have for at blive gift, er et fætter-kusine-forhold. Man må altså hverken gifte sig med sine søskende, forældre eller børn. Så længe man er voksen må man i Japan dyrke sex med hinanden, selvom man er familiemedlemmer, men sådan er det ikke, når det kommer til børn. Selvom den seksuelle lavalder i Japan er 13 år, så er der faktisk en bestemt lov, der forbyder værger at have et seksuelt forhold til personer under 18 år, så det altså er et overgreb, hvis en person over 18 dyrker sex med et familiemedlem under 18 - også selvom personen altså er over den seksuelle lavalder og har givet samtykke. Dette skyldes, at incest netop er tilladt i Japan og derfor har været et problem, der har ført til mange overgreb i hjemmet, som man altså har forsøgt at komme til livs via en helt særlig lovgivning, der skal forhindre, at japanske børn udsættes for incest. Men da loven blev vedtaget i 2000, blev der dog ikke nævnt nogen straf, så effekten af denne var minimal, så man eksempelvis stadig så sager med fædre, der dyrkede sex med deres døtre, og mødre der dyrkede sex med deres sønner. I 2017 blev fængselsstraf og tvangsfjernelse så indskrevet i lovgivningen, men man har endnu ikke kunnet observere en eventuel gavnlig effekt af dette.
At mødre dyrker sex med deres sønner virker især forargende for folk i Vesten, og historier om dette har fået mange til at tro, at det er noget, der sker hyppigere i Japan end i andre lande, men igen skal man huske på, at det i Japan er mere tilladt at tale om det, og derfor er der et bredere kendskab til denne type sager end i lande, hvor det er forbudt og derfor foregår i hemmelighed. Det foregår dog også i hemmelighed i Japan, og man kender udelukkende til mødre, der dyrker sex med deres sønner, fordi sønnerne søger hjælp eller vejledning. Dog kan det være svært for dem at modtage dette i Japan, idet man ikke betragter det som et alvorligt problem, at mødre forgriber sig på deres sønner, hvis de er kønsmodne. Tværtimod vil nogen mene, at mødrene hjælper dem med at blive seksuelt modne, ligesom de sørger for at tilgodese deres sønners seksuelle behov, så de kan fokusere på deres studier frem for at kigge på piger. Dette er dog med til at påvirke drengenes opfattelse af de seksuelle roller og deres egen status, hvilket er det, man i Japan betragter som et problem, for sønner kan knytte et så stærkt følelsesmæssigt bånd til deres mor, at de får svært ved at løsrive sig fra hjemmet, finde en kone og dermed blive selvstændige.
I Japan har sønner og mødre traditionelt set et tæt forhold livet igennem, så nogen vil påstå, at incest foregår i de fleste familier på et emotionelt plan, og derfor bliver der ikke altid løftet øjenbryn, når denne grænse overskrides, og mødre vælger at begå det, der i andre lande kaldes for en moralsk forkert handling, når de begynder at dyrke sex med deres børn. Et andet slægtsforhold, der ofte betegnes som værende emotionel incest, er det mellem en storebror og lillesøster, eftersom en lillesøster kan se op til sin storebror og blive så følelsesmæssig afhængig af ham, at det kan sammenlignes med et traditionelt japansk ægteskab, og netop derfor er søskendeincest faktisk et hyppigt anvendt kærlighedsscenarium både i og uden for erotiske medier. Selv i uskyldige udgaver af anime og manga vil man opleve, at der kan optræde undertoner af bror/søster-incest.
De mere alvorlige incestsager fra Japan omhandler mænd, der dyrker sex med deres døtre. Der har været op til flere tilfælde, hvor fædre har gjort deres teenagedøtre gravide og tilmed fået børn med dem, mens myndighederne har haft kendskab til dette og dog alligevel ikke greb ind. For faderen er nemlig familiens overhoved, og mange vil derfor påstå, at det er hans ret at dyrke sex med sin datter, mens andre samtidig vil mene, at hun selv gerne vil underlægge sig hans magt, fordi hun er nederst i slægtshierarkiet. I de seneste år er man så endelig begyndt at anerkende den psykiske mishandling, som incest kan være for mange børn, der udsættes for dette, og derfor vælger man oftere end før at gribe ind, når man får kendskab til forældre, der dyrker sex med deres børn, idet man er blevet klar over de følelsesmæssige konsekvenser, dette kan have.