Det værste dyreangreb i Japans historie blev begået af en 340 kilo tung brun bjørn kendt som Kesagake, der fra den 9. til den 14. december 1915 dræbte i alt syv mennesker omkring den nyligt anlagte by Sankebetsu på Japans nordligste hovedø, Hokkaido, hvor de nyopførte huse var fremstillet af så svagt materiale, at bjørnen ikke havde problemer med at bryde ind i flere hjem og hér dræbe beboerne, da den drevet af sult var på udkig efter mad. De første ofre var en kvinde og hendes lille barn, hvilket igangsatte en jagt på Kesagake, der dog formåede at dræbe to mænd, før den til sidst tog livet af en højgravid kvinde, hvis ufødte barn overlevede men senere døde. Kesagake havde fået smag for menneskekød og dræbte derfor ikke kun sine ofre, men spiste også af dem, og derfor fik man til sidst hjælp af myndighederne til at opsøge bjørnen, som efter flere dages hærgen blev skudt.
I 1908 åbnede en kulmine nær den lille landsby Hojo i Fukuoka-præfekturet, hvor der var så mange kulreserver, at det i de kommende år trak tusindvis af arbejdere og deres familier til området, så Hojo dermed blev en minelandsby, hvor omkring 4000 mennesker boede. Den 15. december 1914 mistede en sjettedel af indbyggerne dog livet i Japans værste mineulykke og arbejdsulykke, da intet mindre end 671 mennesker omkom under arbejdet i minen. Ulykken skete klokken 9.40, hvor der blev registreret en eksplosion dybt inde i minen, hvor hundredvis af arbejdere befandt sig. Kuldampene i minen var nemlig blevet antændt, hvilket havde ført til en gigantisk sprængning, og da man blev gjort bekendt med ulykkens omfang, stod det klart, at man stod midt i en lokal tragedie, hvor et utal af folk havde mistet livet.
I 700-tallet øgede Japan kontakten til udlandet, idet man i højere grad blev påvirket af især kinesisk kultur, hvilket betød, at handlen med og indvandringen fra Kina steg markant i denne periode, hvor man eksempelvis var godt i gang med at udbrede buddhismen i Japan. Men fra det asiatiske fastland kom også sygdomme – heriblandt kopper, der i løbet af to år kom til at koste en tredjedel af den japanske befolkning livet, idet der i 735 opstod en epidemi i landet, som tog sin begyndelse på Kyushu, da dette var datidens administrative hovedsæde for kontakten til udlandet. Herfra spredte epidemien sig rundt i Japan, hvor dødeligheden blandt voksne var omkring 33 %, så mange byer mistede store dele af deres indbyggere, da det menes, at mellem 1 og 1,5 millioner mennesker døde.
Japans værste skibsforlis fandt sted den 26. september 1954, da passagerskibet Toya Maru sank i strædet mellem Honshu og Hokkaido, samtidig med at tyfonen Marie ramte Japan. Toya Maru havde tidligt på dagen held med at foretage den 4,5 timer lange rejse fra Aomori på Honshu til Hakodate på Hokkaido, men grundet vindstød af stormstyrke besluttede kaptajnen sig for at aflyse turen tilbage. Da vejret et par timer senere klarede op, valgte han dog alligevel at forlade Hakodate og sætte kursen med Aomori, og fordi Toya Maru var den eneste åbne færgeforbindelse til Honshu, var der over 1300 mennesker ombord på skibet, hvorved en katastrofe var uundgåelig, da skibet sejlede afsted og endte med at gå ned, da vindstyrken tog til. Kun 150 mennesker overlevede, og over 1100 omkom således i ulykken. Det var dog ikke muligt at bjærge alle lig, så det nøjagtige antal dødsofre har man derfor ikke kunnet fastslå, idet mange passagerer ikke havde købt billet til Toya Maru, men i stedet var blevet overført til skibet, efter alle andre færgeforbindelser blev aflyst.
Den 20. marts 1995 blev Tokyo udsat for et terrorangreb, da medlemmer fra den nyreligiøse sekt Aum Shinrikyo frigav giftgas af typen sarin i hovedstadens metro, hvilket dengang resulterede i 13 menneskers død, mens endnu et offer døde af sine skader 15 år senere i 2020. Det er dermed det værste terrorangreb begået i Japan, hvilket fik enorme samfundskonsekvenser på et sikkerhedsmæssigt plan, mens talrige medlemmer af Aum Shinrikyo blev anholdt – heriblandt lederen Shoko Asahara, der med 12 af sine følgere blev dømt til døden og efterfølgende henrettet i 2018. Årsagen til angrebet var blandt andet, at Aum Shinrikyo higede efter dommedag, som de følte sig udvalgte til at overleve, men også at man ville forhindre en politirazzia to dage senere.
Den værste trafikulykke i Japan nogensinde fandt sted natten til den 18. august 1968, da 15 charterbusser fyldt med i alt 725 turister og 48 ansatte var på vej fra Inuyama nær Nagoya til Norikura-bjerget i de japanske alper. Turen begyndte den 17. august klokken 22, og denne foregik således i mørke, idet det var meningen, at de mange rejsende skulle overnatte i busserne, så de kunne være fremme ved deres destination, når de stod op næste morgen. I denne periode oplevede man imidlertid store mængder regn grundet en tyfon ud for Japans kyst, og der blev af den grund udsendt advarsler om voldsomt vejr, men disse blev løftet, flere timer før busserne kørte af sted. Regnen fortsatte dog med at falde, hvilket gjorde det farligt at køre rundt på de mørke og stejle veje i bjergene, så cirka halvvejs fremme besluttede man sig for at afbryde turen og vende om. Klokken 1.31 befandt de 15 busser sig så på en øde strækning langs Hida-floden, da bus nummer fem og seks uden videre blev ramt af et stort jordskred, som slæbte køretøjerne med sig ud over en 15 meter dyb skrænt og videre ned i den urolige flod, hvor i alt 104 mennesker mistede livet.
Japans værste togulykke fandt sted under Anden Verdenskrig, men hændte dog ikke under et angreb. Ulykken skete nemlig den 11. december 1944 på Okinawa, hvor der dengang befandt sig en jernbane, der under krigen både transporterede civile, soldater og krigsudstyr. Og det var denne kombination, der endte med at forårsage en tragedie på den 15 kilometer lange Itoman-linje, der kørte mellem Naha og Itoman. Ulykken skete nemlig, fordi gnister fra lokomotivet fik spredt sig til en vogn med olietønder, og eftersom hele toget var læsset med ammunition var en katastrofe dermed uundgåelig. Alle vogne eksploderede nemlig, hvilket kostede 221 mennesker livet (210 soldater, 8 skolepiger og 3 jernbaneansatte), mens kun fire personer havde held med at overleve.
Den 6. marts 1943 mistede 208 mennesker livet i Japans værste brandulykke i en enkeltstående bygning. Dette skete under Anden Verdenskrig, men branden var ikke et resultat af denne, da den brød ud i landsbyen Kutchan på Hokkaido. Hér var byens borgere nemlig blevet inviteret til at se en gratis film i den lokale Hotezia-biograf, hvilket fik folk til at flokkes til, så den lille bygning var fyldt med omkring 700 mennesker, da filmen gik i gang. Under denne gik der dog ild i det ubemandede baglokale, hvor filmen blev afspillet med brug af en projektør, som endte med at overophede, men der gik noget tid, før folk bemærkede lugten af røg og da opdagede flammerne. Der opstod derfor panik, og de mange hundrede mennesker søgte omgående mod udgangene, hvilket imidlertid førte til en flaskehalseffekt, så mange blev fanget i den røgfyldte bygning. Det var derfor kvælning, der var den primære dødsårsag blandt de 208, som endte med at miste livet, og majoriteten af disse var børn og kvinder.
Japan Airlines Flight 123 var planlagt til at flyve fra Tokyo til Osaka den 12. august 1985, da flyet styrtede ned efter tre kvarter i luften. Af de 509 passagerer og 15 besætningsmedlemmer var der kun 4, der endte med at overleve, så med 520 dødsofre er det den værste flyulykke i Japans historie. Flyet lettede fra Haneda Lufthavn i Tokyo uden problemer, men efter kun 12 minutter i luften knækkede halefinnen af, så hydraulikvæsken flød ud. To basale komponenter ved et flys evne til at fungere korrekt var dermed gået tabt. Det lykkedes dog for piloterne at holde flyet i luften i omkring en halv time, men det styrtede til sidst ned på en bjergkam i Gunma-præfekturet. Man formodede, at alle ombord var omkommet, og mange overlevende døde derfor af deres kvæstelser i løbet af de 12 timer, som gik, før man fik bjærget vraget.
Den 1. september 1923 oplevede Japan det dødeligste jordskælv i landets historie, da Kanto-regionen blev ramt af rystelser, der målte omkring 7,9 på richterskalaen. Epicentret lå syd for Tokyo og fordi der på daværende tidspunkt boede mere end 2 millioner mennesker i den moderne storby, så resulterede befolkningstætheden i titusindvis af dødsofre, idet store dele af hovedstaden blev lagt i ruiner. Selvom mange blev dræbt under selve jordskælvet som følge af sammenstyrtede bygninger, så var de fleste dog indirekte ofre, idet endnu flere omkom under brande, som opstod grundet ødelagte gasrør, eftersom jordskælvet ramte klokken 11.38, hvor mange var i gang med at lave middagsmad. Over en halv million hjem blev ødelagt, og 1,9 millioner mennesker blev dermed hjemløse, mens det officielle dødstal lyder på 105.385 ofre.