Kyoto fungerede som Japans hovedstad i mere end 1000 år fra 794 til 1868 – foruden en kort periode på 6 måneder i 1180, hvor hovedstaden kortvarigt lå nær Kobe. Det der historisk set har kendetegnet den japanske hovedstad er, at det er her Kejser-familien bor, og derfor har der også ligget et palads i Kyoto. Der er sådan set været mange, for disse er med tiden blevet forladt eller ødelagt af brande og er flere gange blevet genopbygget forskellige steder i byen. Det nuværende kejserpalads i Kyoto blev bygget i 1855 og var kun i brug i 33 år, da Kejseren i 1868 flyttede fra Kyoto til Tokyo, der siden da har været Japans hovedstad. Det blev i 1877 besluttet at kejserpaladset i Kyoto skulle bevares, og området er nu åbent for offentligheden. Paladset består af en række større bygninger, som det kun er muligt for besøgende at betragte udefra, idet det ikke er tilladt at gå ind i dem. Med til disse hører desuden en række mindre haver.
Nijo-borgen blev opført i Kyoto fra 1603 til 1626 som et residens for den daværende shogun Tokugawa Ieyasu, men i 1750 brændte hovedbygningen ned efter at være blevet ramt af lynet, og 38 år senere brændte mange af de resterende strukturer ligeledes ned, da en brand hærgede byen. Selve borgen blev aldrig genopbygget og er i dag blot en ruin med enkelte rekonstruerede strukturer, så selvom stedet endnu kaldes for Nijo-borgen, så er der altså ingen borg. Dog bestod det enorme kompleks også af mange andre bygninger, idet der var tale om en fæstning med hele to voldgrave, og flere af disse bygninger eksisterer stadig. Der er blandt andet tale om Ninomaru-paladset, som i en periode fungerede som Kejserfamiliens nye palads i slutningen af 1800-tallet, efter man i Japan havde afskaffet shogunatet. Stedet blev dog hurtigt overdraget til staten, der i 1939 valgte at åbne grunden for offentligheden, der fortsat har mulighed for at besøge de historiske bygninger.
Tofukuji er et zen-buddhistisk tempel beliggende i Kyoto, der er et yndet rejsemål for japanere, turister og fotografer i efteråret, idet man hér kan opleve nogle af landets flotteste efterårsfarver, når træerne i templets haver skifter kulør og antager varme og gyldne nuancer. Disse kan blandt andet nydes fra en gangbro kaldet tsutenkyo, der ligesom resten af tempelgrundene er fyldt med mennesker i denne periode af året. Dette er en af de to dele af templet, der koster penge at besøge. Resten af tempelgrundene er frit tilgængelige døgnet rundt og består blandt andet landets ældste zen-port, der kan dateres tilbage til 1425. Andre bygninger er lige så gamle og er således nogle af de få overlevende eksempler på original zen-arkitektur i Japan. Disse blev opført, da templet brændte ned i det 15. århundrede. Rekonstruktionen af templets hovedbygning og dennes haver er dog af nyere dato.
Filosoffens Sti, der på japansk hedder Testugaku no michi og på engelsk Philosopher’s Path eller Walk, er en 1,5 kilometer lang strækning i det nordøstlige Kyoto. Stien løber langs en kanal og er et af de mest populære steder i Kyoto om foråret, idet den består af rader af kirsebærtræer, som blomstrer i denne periode. Navnet skyldes, at det tilsyneladende var her den japanske filosof Professor Nishida Kitaro (1870-1945) mediterede, når han gik tur i byen. Filosoffens sti løber mellem de to templer Nanzenji og Ginkakuji og på vejen er der mulighed for at besøge flere templer, ligesom der er butikker og caféer på strækningen. Når stien ender nær Nanzenji bliver kanalen til en akvædukt, som løber gennem tempelkomplekset. Det vil tage cirka en halv time at tage turen på Filosoffens Sti, hvis man ikke gør stop undervejs.
Ryoanji er et Zen-buddhistisk tempel beliggende i det nordvestlige Kyoto. Hér finder man blandt andet 7 kejseres mausoleum samt en af Japans mest populære stenhaver, der består af 15 klippeformationer arrangeret som små øer i et “hav” af småsten. Det er kun muligt at se op til 14 klippestykker ad gangen, når man befinder sig på tempelgrunden, men det siges, at man vil være i stand til at se alle 15, når man har opnået fuld erkendelse. Templet blev grundlagt tilbage i det 11. århundrede og hed dengang Daijuin, men dette blev i 1450 omdannet til det nuværende Ryoanji. Det originale tempel blev dog ødelagt under Onin-krigen og blev genopbygget i 1488, før dette gik tabt i en brand i 1779. De nuværende bygninger blev bygget nogle årtier senere, og foruden disse så består templet også af en parklignende have, hvor man finder en sø, der kan dateres tilbage til templets grundlæggelse.
Yasaka-pagoden befinder sig i Kyotos Higashiyama-distrikt, hvor den tårner op omkring de traditionelle bygninger i området. Man har fra byens side valgt at begrænse antallet af højspændingsledninger i nærheden af pagoden for at give et autentisk indtryk af hvordan Kyoto så ud i fortiden, og dette har gjort pagoden til et af de mest fotograferede steder i byen – også om aftenen, hvor den er lyst op. Oprindeligt var Yasaka-pagoden en del af Hokanji-templet, men sammen med en række mindre bygninger er pagoden nu den eneste, der er tilbage. Den nuværende struktur er over 500 år gammel og er på fem etager med en højde på 49 meter.
Kiyomizudera er et buddhistisk tempel beliggende i det østlige Kyoto. Templet er nok mest kendt for sin ikoniske udkigspost på hovedbygnigen, hvorfra man har et udsyn ud over Kyoto, men selve komplekset består af flere andre bygninger såsom en pagode på tre etager. Kiyomizudera blev grundlagt tilbage i 700-tallet, men den nuværende hovedbygning er fra 1633. At denne endnu står er imponerende i sig selv, men mere imponerende er det, at der ikke er blevet brugt et eneste søm i konstruktionen af den. Udkigsposten minder om en enorm terrasse, som er bygget på pæle, hvorfra der er et fald på 13 meter. Før i tiden var det ikke ualmindeligt at folk sprang ud, idet man dengang mente, at hvis man overlevede et fald fra templet, så ville ens ønske gå i opfyldelse. Af de 234 udspring, der er registreret, var der 15 % der omkom.
Arashiyama er et distrikt i det vestlige Kyoto, hvor man blandt andet finder en række templer og haver, men området er nok mest kendt for sine bambuslunde, der står som små skove i bybilledet. Besøgende har mulighed for at begive sig igennem de mange rader af bambusrør, idet der er blevet anlagt stier – hvor der desuden er spærret af, så man ikke kan bevæge sig ind blandt bambusrørene de fleste steder. Når man går rundt blandt bambusrørene, vil de nogle steder stå så tæt, at de skygger for lyset, hvilket giver en tusmørkeagtig stemning, da temperaturen samtidig er lavere, eftersom de høje planter blokerer for solens stråler. Arashiyama er en populær destination for både lokale og udenlandske turister, så der kan i perioder være tæt pakket med mennesker, da stisystemet er meget snævert.
Kinkakuji, der også kaldes Den Gyldne Pavillon på dansk, er et zenbuddhistisk tempel beliggende i Kyoto. Kinkakuji blev grundlagt i slutningen af det 14. århundrede, men samtlige af de originale bygninger, der havde udgjort tempelkomplekset, blev brændt ned under borgerkrige 70 år senere. Den gyldne pavillon består af tre etager i hvert sit design, hvilket giver bygningen et særpræget udseende. Ikke mindst fordi de to øverste etager er beklædt med bladguld. Templet befinder sig ved en lille sø, hvori bygningen genspejles, når besøgende har mulighed for at betragte den fra den modsatte side af vandet. Kinkakuji er et eftertragtet sted for turister og fotografer året rundt, fordi bygningen tager sig godt ud i sol- såvel som snevejr.
Fushimi Inari Taisha er en shintohelligdom beliggende ved og på bjerget Inari i Kyoto, som blev grundlagt i år 711. Der er tale om hovedhelligdommen dedikeret til guden Inari, der blandt andet er guden for ris, te og ræve. Af samme grund er der særligt mange rævestatuer ved Fushimi Inari Taisha, da de anses for at være Inaris budbringere, men stedet er dog mest kendt for sine tusinder af orange torii-porte i alle størrelser – særligt de store af slagsen, der nogle steder danner et tunnellignende netværk på det 4 kilometer lange stisystem, som besøgende har mulighed for at begive sig igennem, når de i forbindelse med et besøg ved helligdommen kan bestige det 233 meter høje Inari-bjerg, hvor et utal af monumenter befinder sig. Ved foden af bjerget finder man helligdommens mange bygninger, der ligeledes er malet i orange farver. Stedet er frit tilgængeligt døgnet rundt året rundt og er et særligt eftertragtet sted for japanere i nytårsdagene, hvor der kommer millioner af mennesker.