Pipistrellus sturdeei er den videnskabelige betegnelse for en flagermusart, som man mener kun fandtes i Japan, idet man hér kun har fundet et enkelt eksemplar, hvilket blev gjort i slutningen af 1800-tallet på øen Hahajima, der er en del af Bonin-øerne. Dette eksemplar er imidlertid ikke i japansk varetægt, idet det befinder sig på et museum i London, hvor det blev en del af samlingen, efter at man i 1915 konkluderede, at der var tale om en selvstændig art. Det vides dog ikke, hvad der drev arten til udryddelse, men man er dog heller ikke helt sikker på, at det eksisterende eksemplar stammer fra Japan, idet der er spekulationer om, at det derimod blev fundet i et andet østasiatisk land, hvilket kan være med til at forklare, hvorfor andre individer aldrig er blevet observeret, der hvor man tilsyneladende gjorde det oprindelige fund. Dette førte om ikke andet til, at arten blev erklæret for uddød i 2020.
Boninduen er en uddød fugleart, der før i tiden levede på Bonin-øerne, hvor arten blev opdaget i 1827, da europæiske videnskabsfolk tog til øerne for at indsamle eksemplarer af dyrene på øerne. I årene efter slog mennesker sig imidlertid ned på Bonin-øerne, og med sig bragte de blandt andet rotter og husdyr, som var skyld i, at flere dyrearter på Bonin-øerne i denne tid blev udryddet. Dette inkluderede også Boninduen, der blev erklæret for uddød, efter det sidste eksemplar blev fundet i 1889 – og dette var endda kun et ud af i alt fire kendte eksemplarer, der har kunnet dokumentere artens eksistens. Det første eksemplar fra 1827 er imidlertid gået tabt, så der i dag kun eksisterer tre eksemplarer, som alle findes på europæiske museer.
Bonindroslen er en uddød fugleart, der kun fandtes i Japan – nærmere betegnet på Bonin-øerne, som den derfor er opkaldt efter. Dog har man kun fundet spor efter arten på øen Chichijima, og det vides derfor ikke, om fuglene kun var begrænset til denne, eller om de var udbredt til flere øer, hvor de med tiden uddøde som følge af menneskelig aktivitet på Bonin-øerne i 1800-tallet, hvor arten menes at være uddød kort efter at være blevet opdaget i 1828, idet den ikke er blevet set siden. Bonindroslen blev opdaget af Heinrich von Kittlitz, der under en ekspedition til Bonin-øerne fik indsamlet fire eksemplarer, der i dag findes på fire forskellige museer i Europa.
Ryukyuskovduen er en uddød fugleart, der oprindeligt levede på flere af Okinawa-øerne. Der var tale om en skovdue, som altså holdt til i skovene, hvilket imidlertid også førte til artens udryddelse, idet dens levesteder forsvandt som følge af skovrydning, da udbredelsen af det menneskelige samfund tog til på Okinawa-øerne i begyndelsen af 1900-tallet, hvor det sidste eksemplar blev observeret i 1936. Lokalbefolkningen på Okinawa-øerne havde dog længe jaget Ryukyuskovduer, så de i forvejen var truet, da arten blev udryddet. Forinden da nåede man at indsamle en del eksemplarer, så der stadig eksisterer døde individer, der har gjort det muligt at forske i duernes DNA, så man på den måde har kunnet konkludere, at Ryukyuskovduerne var nært beslægtede med japanduen, som da også ligner Ryukyuskovduen.
Okinawa-flyvende hund var en art af flyvende hund, der tilsyneladende kun fandtes på Okinawa, idet man hér kun har haft held med at finde fire eksemplarer, hvilket skete tilbage i 1800-tallet. Siden da er der ikke blevet gjort flere observationer, og arten anses derfor for at være uddød. Ydermere findes der nu kun to af de eksemplarer, der har været med til at dokumentere artens eksistens. Dog er der tvivl om, hvorvidt disse overhovedet blev indsamlet på Okinawa, eller om den såkaldte Okinawa-flyvende hund rent faktisk stammer fra et helt andet sted i verden og dermed kan være blevet forvekslet med eksisterende arter, da det ikke var unormalt, at dyr blev fejlkategoriseret, da man i slutningen af 1800-tallet indsamlede eksemplarer under opdagelsesrejser. Og dette er også grunden til, at arten ikke officielt er blevet rødlistet, idet man mangler tiltrækkelig data for at kunne dokumentere dens eksistens.
Boninfinken er en uddød fugleart, der før i tiden levede på Bonin-øerne, hvor arten blev opdaget i 1827, da europæiske videnskabsfolk tog til øerne for at indsamle eksemplarer af dyrene på øerne. I årene efter slog mennesker sig imidlertid ned på Bonin-øerne, og med sig bragte de blandt andet rotter og husdyr, som var skyld i, at flere dyrearter på Bonin-øerne i denne tid blev udryddet. Dette inkluderede også Boninfinken, der blev erklæret for uddød, da man aldrig formåede at finde flere eksemplarer af fuglene end de 2, som blev fanget i 1827, samt 9 andre, som blev fanget året efter. I dag er der kun 10 af disse eksemplarer tilbage, som alle findes på udenlandske museer, så i Japan er man altså ikke engang i besiddelse af eksemplarer, selvom der ellers var tale om en art, som var begrænset til Japan.
Bonin rød nathejre var en underart af den røde nathejre, som kun fandtes på Bonin-øerne i Japan, hvor arten blev opdaget i 1828. Det var dog først i 1839, den officielt blev anderkendt, da den videnskabelige beskrivelse blev foretaget, men kun 50 år senere blev arten dog udryddet, da det sidste kendte eksemplar blev indsamlet i 1889. Herefter er der ingen, der nogensinde har set en levende Bonin rød nathejre, der således blev et af de mange dyrearter, som blev udryddet på Bonin-øerne i slutningen af 1800-tallet, da øerne begyndte at blive præget af menneskelig aktivitet. Det var nemlig medbragte rovdyr som rotter og katte, der var den primære årsag til fuglens udryddelse, men en af grundene var også, at der i forvejen var tale om en sjælden art, hvis udbredelse var begrænset.
Udseendemæssigt lignede Bonin rød nathejre den alminelige nathejre – dog med et mere massivt næb. Fuglene nåede en højde på omkring 60 centimeter og var kendetegnet ved at have lange fødder og spidse næb, som de benyttede sig af, når de fangede fisk og krybdyr ved vandet, hvor de holdt til. Fjerpragten var rødbrun oventil med hvide fjer på undersiden af kroppen og sorte fjer på toppen af hovedet. Bag på hovedet havde fuglene desuden to ekstra lange fjer.
Den japanske odder var før i tiden udbredt i mange af de japanske floder men på grund af jagt faldt bestanden drastisk, og arten blev officielt erklæret for uddød i 2012, efter det sidste eksemplar var blevet set i Kochi-præfekturet på Shikoku i 1979. Jagten på oddere tog til i begyndelsen af 1900-tallet hvor dyrene blev anvendt i produktionen af medicin mod tuberkulose, og så var den varme og vandtætte odderpels desuden populær at bruge i militæruniformer, og i lige netop denne tid lå Japan jævnligt i krig, så der var et stort behov for beklædningsudstyr. Efter afslutningen på Anden Verdenskrig blev oddernes skæbne dog afgjort på grund af forurening og ødelæggelse af deres levesteder. Officielt har den japanske odder status som en underart, men genforskning peger på, at den faktisk var en art for sig selv.
Den japanske søløve blev før i tiden anset for at være en underart af den Californiske søløve, men DNA-studier har nu påvist, at der var tale om en selvstændig art, som imidlertid blev erklæret for uddød i 1970’erne, efter århundreders jagt havde drevet arten til udryddelse. Før da var den japanske søløve udbredt i de nordøstlige havområder omkring Japan og Korea, hvor de ynglede ved kysterne.
I dag er der kun udstoppede eksemplarer tilbage, der dog gør det muligt at se, hvordan den japanske søløve så ud. Hannerne kunne nå en længde på omkring 2,5 meter og en vægt på over 500 kg. mens hunnerne var noget mindre. Hunnerne havde samtidig lysere pels end hannerne, der var mørkegrå i farven. Japanske søløver blev ikke kun jaget for deres kød og pels, men også, så man kunne gøre brug af deres fedt til at producere olie samt organer og knurhår til at producere medicin og remedier.
De to ulvearter, der går under betegnelsen japanske ulve, er Hokkaido-ulven og Honshu-ulven, der begge var underarter af den grå ulv. Begge ulve er opkaldt efter Japans to største øer, hvor de hver især levede, skønt Honshu-ulven også var udbredt til de to andre hovedøer Kyushu og Shikoku, mens Hokkaido-ulven også levede på øen Sakhalin, der i dag er en del af Rusland. Begge arter blev imidlertid udsat for jagt, hvilket med tiden førte til deres udryddelse, så Honshu-ulven officielt blev erklæret for uddød i 1905, mens Hokkaido-ulven allerede var blevet erklæret for uddød i 1889, selvom den muligvis kan have eksisteret på Sakhalin helt frem til midten af 1900-tallet. Der lever i dag ingen vilde ulve i Japan. De to arter var begrænset til de japanske øer og Sakhalin, så med den lokale udryddelse uddøde arterne globalt, idet man ikke havde sikret levende ulve i fangenskab. Kun enkelte udstoppede eksemplarer eksisterer desuden den dag i dag.