Den 24. august 1945 kolliderede to tog på Tamagawa-broen vest for Tokyo, da de på samme tid fik grønt lys til at passere broen fra hver deres side, og eftersom der var tale om en ensporet bro, så var tragedien dermed uundgåelig. Lokoførerne kunne nemlig ikke nå at bremse, før de to tog kolliderede på broen, hvilket fik det ene af togene til at vædre det andet, så lokomotivet smadrede ind i den forreste passagervogn, hvor mange således blev mast ihjel. Endnu flere styrtede dog i Tama-floden, hvor de druknede. Det præcise antal dødsofre er ukendt, men det formodes, at ulykken kostede 105 mennesker livet, mens 67 andre blev såret. Da man på dette tidspunkt ikke havde det rette kommunikationsudstyr, var det derfor en menneskelig fejl, som var skyld i, at de to tog fik lov at passere Tamagawa-broen på hver deres side.
Den 24. april 1951 omkom 106 mennesker, da et tog brød i brand ved Sakuragicho station i Yokohama. Ulykken indtraf som følge af udskiftningen af køreledninger ved stationen, hvor personalet var kommet til at klippe et kabel over, således at dets elektriske ledere blev blottet. Få minutter senere ankom et tog fyldt med passagerer til stationen, og her blev pantografen (den strømaftager, som er placeret på taget) viklet ind i ledningen, hvilket fik gnisterne til at flyve, så den forreste af togvognene blev antændt. Togvognene var primært lavet af træ, så det tog ikke lang tid for ilden at få fat og udvikle sig, da først toget var standset. Der befandt sig cirka 150 mennesker i den pågældende vogn, der gradvist var ved at blive fortæret af ild oppefra, mens tyk røg spredte sig, men panikken forhindrede passagererne i at flygte videre til vogn nummer to, eftersom døren dertil kun kunne åbnes indad, hvilket var umuligt, fordi folk pressede mod den, da de alle søgte til den ende af vognen.
Den 25. april 2005 kørte et lokaltog af sporet, mens det var i fuld fart i byen Amagasaki, hvilket kostede 107 mennesker livet. Ulykken skete klokken 9.19 efter myldretid, men optakten til den begyndte dog 25 minutter tidligere, da lokomotivføreren kom til at passere et rødt signal, hvilket udløste togets automatiske bremsemekanisme, så det kortvarrigt blev bragt til standsning. Dette forstyrrede tilsyneladende hans fokus, for 4 minutter før ulykken kom han nemlig til at køre for langt ved en station og var derfor nødt til at bakke toget tilbage. Dette havde indvirkning på tidsplanen, så lokomotivføreren satte efterfølgende farten op i håbet om at kunne indhente den tabte tid, der var på 1½ minut. Konsekvensen af dette blev dog, at toget nåede op på en hastighed, der kort efter resulterede i, at det under et sving fløj af skinnerne og ramlede mod en boligblok. Den forreste af de syv vogne blev fuldkommen mast i stykker under sammenstødet, mens den anden ligeledes blev krøllet sammen.
Den 26. oktober 1943 ankom et fragttog med 41 vogne til Tsuchiura station nord for Tokyo. På grund af en signalfejl blev toget dog ført over i det forkerte spor, hvilket resulterede i en kollision med et andet fragttog, da dette ankom til stationen. Man kunne derfor ikke nå at slå alarm, før et andet tog ankom blot tre minutter senere, og da der denne gang var tale om et passagertog, førte det til en enorm katastrofe, da dette kolliderede med det andet fragttog, som var væltet og derfor blokerede for skinnerne. Passagertoget blev nemlig afsporet ved Sakuragawa-broen, hvorfra flere vogne faldt ned – heriblandt den fjerde vogn, som landede i Sakuragawa-floden, hvor flere passagerer druknede. Eftersom ulykken skete under Anden Verdenskrig, så blev denne udsat for censur, og det vides derfor ikke med sikkerhed, hvor mange folk der mistede livet, eftersom tallet spænder fra 57 til 128 ofre. Generelt ligger antallet af ofre omkring 100 personer.
Den 1. september 1923 blev Kanto-regionen ramt af et jordskælv, der kostede over 100.000 mennesker livet, hvilket gør dette til den værste naturkatastrofe i Japans historie. Folk omkom både i sammenstyrtede bygninger og i brande, men mange blev dog også dræbt i jordskred, hvilket inkluderede 112 mennesker, som var ombord på et tog, da dette standsede ved Nebukawa station i Odawara, netop som jordskælvet ramte. Her førte rystelserne nemlig til et enormt jordskred, som begravede stationen, mens toget med lokomotivet og de otte vogne blev revet væk fra skinnerne af jordmasserne. Toget var fyldt med cirka 150 mennesker, som intet kunne gøre, da toget blev slæbt med i havet 45 meter fra stationen, hvor alle vognene – foruden de to bagerste – sank til bunds, hvilket altså endte med, at 112 mennesker druknede, da under 50 personer havde held med at redde sig selv ud i live.
Den 3. maj 1962 var hele tre tog involveret i en ulykke ved Mikawashima station i Tokyo, hvilket kostede 160 mennesker livet. Ulykken begyndte, da et fragttog blev afsporet ved ankomsten til Mikawashima station, efter lokoføreren havde overset et rødt signal, hvilket fik det automatiske sikkerhedssystem til at omdirigere toget for at forhindre, at dette kolliderede med et passagertog, der på samme tid var ved at forlade stationen. Selvom et frontalt sammenstød blev afværget, da fragttoget skiftede spor, så medførte afsporingen imidlertid, at passagertoget alligevel kolliderede med det væltede fragttog, hvorved også det blev afsporet. Der var dog ingen dødsofre som følge af denne ulykke, men da man begyndte at evakuere passagerne, glemte man at indstille togtrafikken, så mens redningsarbejdet stod på, ankom endnu et passagertog til stationen, hvor det ikke havde mulighed for at standse, før det kolliderede med det andet passagertog, som folk stadig var i gang med at forlade.
Den 9. november 1963 omkom 161 mennesker i en togulykke mellem Tsurumi station og Shin-Koyasu station i Yokohama, hvor tre forskellige tog var involveret. Ulykken da et fragttog blev afsporet, hvorved to af dets vogne væltede og kolliderede med et passagertog i det modsatte spor. Dette tog blev ligeledes afsporet og flere af dets vogne væltede dermed over i et andet passagertog, som tilfældigvis kom kørende i den modsatte retning på samme tid. På blot få sekunder var jernbanestrækningen blevet forvandlet til et katastrofeområde, hvor hundredvis af mennesker begyndte at flygte fra de to passagertog, og mens de fleste kunne gå uskadte derfra, så havde 120 personer dog pådraget sig skader, mens endnu flere altså endte med at miste livet. Årsagen til ulykken blev først klarlagt næsten et årti senere, da man efter omfattende undersøgelser kunne konkludere, at det var en blanding af forskellige faktorer som spor-sammensætning og fragttogets hjuldesign, der var skyld i, at det blev afsporet.
Den 25. februar 1947 skete en af de værste togulykker i Japans historie, da et passagertog forlod Higashi-Hanno station i Saitama-præfekturet med retning mod Komagawa station. På vejen dertil blev hele toget nemlig afsporet, da det ankom til et sving, hvorved det i fuld fart væltede ud over skrænten, som skinnerne befandt sig på. Fordi togvognene var lavet af træ, så gik mange af disse i stykker under ulykken, så flere af de omkomne døde simpelthen af de kvæstelser, de pådrog sig ved at blive kastet ud fra toget, mens andre derimod blev mast ihjel af både togvogne og andre mennesker. Årsagen til ulykken var nemlig, at toget var overfyldt, da dette var grunden til, at lokoføreren ikke kunne sænke farten, da toget i nedadgående retning nærmede sig svinget, hvor afsporingen fandt sted. Der var simpelthen for meget vægt på grund af de mange passagerer, og derfor lød det endelige dødstal også på 184, mens yderligere 495 blev såret.
En af Japans værste togulykker fandt sted den 29. januar 1940, da et overfyldt passagertog kørte fra Osaka station med retning mod byens industriområde i Osaka bugt, hvor hundredvis af arbejdere var på vej hen for at møde ind på de forskellige fabrikker. Under indkørslen Ajikawaguchi station kolliderede toget dog med et andet tog, så den bageste vogn blev slynget af skinnerne og væltede om på siden. På samme tid begyndte benzin at lække fra vognen, og da det tilmed blev antændt, brød denne i brand, mens mere end 200 passagerer befandt sig i den. 189 mennesker blev enten brændt levende eller modtog brandskader i en sådan grad, at de senere omkom af disse.
Japans værste togulykke fandt sted under Anden Verdenskrig, men hændte dog ikke under et angreb. Ulykken skete nemlig den 11. december 1944 på Okinawa, hvor der dengang befandt sig en jernbane, der under krigen både transporterede civile, soldater og krigsudstyr. Og det var denne kombination, der endte med at forårsage en tragedie på den 15 kilometer lange Itoman-linje, der kørte mellem Naha og Itoman. Ulykken skete nemlig, fordi gnister fra lokomotivet fik spredt sig til en vogn med olietønder, og eftersom hele toget var læsset med ammunition var en katastrofe dermed uundgåelig. Alle vogne eksploderede nemlig, hvilket kostede 221 mennesker livet (210 soldater, 8 skolepiger og 3 jernbaneansatte), mens kun fire personer havde held med at overleve.