Begravelser i Japan finder sted på forskellig vis, alt efter hvilken tro, man har, men generelt er de buddhistiske begravelsesritualer, de hyppigst anvendte, idet omkring 85 % af alle begravelser i Japan udføres med udgangspunkt i disse, hvor formålet er at sikre, at den afdøde kommer sikkert frem til efterlivet eller opnår en mulig genfødsel. Hertil kommer dog også inkorporerede shinto-traditioner, som er unikke for Japan, og selvom man oprindeligt tog afsked med folk ved at lægge dem i jorden, så har introduktionen af buddhismen ført til, at begravelser i Japan nu om dage foregår som bisættelser, hvor man tager afsked med den døde under en ceremoni, før vedkommende bliver brændt, så de efterladte kan få resterne udleveret. Grundet pladsmangel er kistebegravelser faktisk blevet forbudt, så disse kun finder sted i yderst sjældne tilfælde, hvilket betyder, at over 99 % af japanerne bliver kremeret efter deres død.
Hvis en japaner dør uden for sit hjem, er det en tradition, at vedkommende bliver fragtet til sin egen bolig før begravelsen, så den afdøde på den måde kan tilbringe en sidste nat i kendte rammer, hvilket også er kutyme, når man dør i sit hjem. I nogle egne vil personen få et stykke hvidt stof lagt over hovedet, ligesom is vil blive placeret rundt om kroppen for at forhindre forrådnelse. Umiddelbart efter dødsfaldet vil man fugte den dødes læber med vand, eller allerede mens vedkommende er døende - en praksis der kan sammenlignes med den sidste olie inden for katolicismen. Afhængigt af familiens sammensætning vil det normalt være den ældste søn, der skal stå for begravelsen, hvis han altså er gammel nok til at påtage sig dette ansvar.
Et dødsfald i privaten skal indberettes til myndighederne, så en dødsattest kan blive udstedt, og man skal samtidig kontakte et tempel, så der kan blive afsat tid til ceremonien, som vil finde sted inden for ganske få dage efter dødsfaldet. Familie og venner vil ligeledes blive informeret om dødsfaldet, så disse kan nå at komme forbi og sige farvel inden selve begravelsen. Forinden disse besøg vil de efterladte tænde røgelsespinde og stearinlys samt anrette blomster ved siden af den afdøde, ligesom man nogle steder sørger for at vaske kroppen og fylde synlige kropsåbninger med vat.
I Japan kan man dog vælge at sende bud efter en såkaldt nokansha (en person der lægger lig i kister), og denne vil i så fald sørge for det praktiske i forbindelse med at forberede liget, hvilket også inkluderer påklædning og sminkning. Denne seance vil finde sted foran de efterladte, som er mødt op. Det er dog ikke så udbredt at bestille en nokansha mere, så typisk vil liget blive fragtet til det sted, hvor begravelsesceremonien kommer til at foregå, og her vil den afdøde så blive klædt på og lagt i en kiste. Mænd bliver enten iført kimono eller jakkesæt, mens kvinder ofte bliver iført kimonoer. På døde mennesker bliver kimonoer altid sat på, så den højre side overlapper den venstre - noget der ikke er tilladt at gøre, når man lever, da det siges at bringe uheld. Kister findes desuden i forskellige varianter, lige fra de dyre og veldekorerede til de billige, som blot er en simpel trækasse. I forhold til vestlige kister er japanske kister smallere, og så er de ofte i besiddelse af låger ved hovedenden på låget, så man kan lukke kisten, men samtidig åbne op og se ansigtet.
Begravelsesceremonien kan finde sted ved et tempel, hvis det er muligt, men ellers er der også offentlige bygninger til rådighed, mens man ligeledes kan vælge at få det klaret på krematoriet. Først senere vil den afdødes aske ankomme til de efterladte, så de kan stede denne til hvile. Nu om dage er det imidlertid også blevet populært at sprede den asken, ligesom man ser det i Vesten, mens det er knap så udbredt at beholde urnen i hjemmet. Noget andet, man i Japan har hentet fra Vesten, er den sorte påklædning, som de sørgende bærer under begravelsen. Tidligere var det nemlig hvidt tøj, som japanere tog på til begravelser, og så sørger de fleste også for at medbringe buddhistiske bedekranse, som de holder i hænderne.
Det er dog endnu ikke en tradition, at man til begravelser kommer med blomster til den afdøde - i stedet kommer man med kondolencepenge (koden) i kuverter til de efterladte. Der er ingen regler for, hvor meget man skal give, men man skal i den forbindelse tage sin indkomst og forhold til den afdøde i betragtning og på den måde bedømme, hvad der vil være et passende og acceptabelt beløb. Jo nærmere man var den afdøde, desto større et beløb, skal man give. Grunden til at man i Japan giver penge, er fordi det er et af de lande i verden, hvor begravelser koster mest, så det er en måde at lette den økonomiske byrde hos de efterladte og på den måde udvise sympati samt støtte midt i sorgen. Når man tager af sted igen vil man dog modtage en gave som tak, og værdien på denne er mellem en fjerdedel eller halvdelen af de penge, man har givet til de efterladte. Af den grund findes der også uofficielle standardbeløb alt efter relation, der spænder fra 5.000 yen for kolleger, naboer, gamle klassekammerater og lignende og op over 50.000 yen for meget nære slægtninge.
Under begravelsesceremonien vil de tilstedeværende sætte sig til rette foran kisten - enten på gulvet, på puder eller på stole, alt efter hvor man befinder sig. Ved kisten vil der blive anrettet blomster, som typisk vil være hvide, da dette som nævnt var dødens farve før i tiden, og af samme grund giver man meget sjældent hvide blomster til de levende i Japan, da det sender et uheldigt signal. Der vil desuden blive tændt røgelse, som skal brænde hele tiden, og så vil der blive opsat en ramme med et billede af den afdøde. En buddhistisk præst vil normalt stå for ceremonien, der vil variere alt efter, hvilken sekt der er tale om. Man tager afsked med den døde ved en efter en af gå op til kisten og brænde røgelse, bede og til sidst bukke. Er man ikke et nært familiemedlem skal man ligeledes sørge for at bukke over for disse for på den måde at kondolere på lydløs vis.
Således slutter begravelsen nemlig for alle andre end den nære familie, der vil tilbringe resten af dagen og hele natten sammen ved eventuelt at spise og drikke. Nogle gange foregår dette i samme rum, hvor begravelsesceremonien har fundet sted. Næste dag gentager man nemlig proceduren som dagen forinden, så en japansk begravelse er i teorien delt i to - en for en større sammenkomst og en for de nærmeste. Forskellen er bare, at de efterladte på denne dag vil lægge blomsterne fra kistedekorationen ned i kisten, før denne vil blive lukket til og kørt på krematoriet. Med i kisten får den døde også mønter, der skal bruges til betaling for at kunne krydse Sanzu-floden i efterlivet, hvilket er den japanske version af konceptet om floden Styx. Præsten sørger desuden for, at den afdøde bliver givet et buddhistisk navn (kaimyo), så dennes ånd ikke risikerer at vende tilbage, hvis personens gamle navn bliver sagt højt.
På krematoriet vil de efterladte kunne følge med og se på, mens kisten bliver antændt, men typisk vil man tage derfra igen, før kisten er brændt færdig, hvilket tager over en time. Efterfølgende er der nemlig gravøl, men dette afsluttes imidlertid med, at asken vil blive præsenteret for de efterladte, der med spisepinde udvælger de knoglerester, som skal begraves - et ritual kendt som kotsuage. Fodknoglerne vælges først, og hovedknoglerne til sidst, sådan at den afdøde ikke bliver vendt nedad i urnen. Når de efterladte senere modtager urnen med aske, vil denne typisk blive stedt til hvile i et familiegravsted med tilknytning til et tempel, men forinden bliver de nogle gange placeret foran et af de nære familiemedlemmers butsudan, som er et buddhistisk hjemmealter, hvor man mindes og beder for sine døde slægtninge, så den afdøde bliver en del af disse. Portrættet fra begravelsen vil ligeledes blive medbragt og hængt op i nærheden af den pågældende butsudan, så man fremover kan bede for den afdøde ved denne. Når nogen dør i et hjem, skal en bustudan desuden også lukkes til, så den afdødes ånd ikke kommer i kontakt med den, før den er blevet rengjort gennem begravelsesceremonien, der altså både skal forberede og sende den afdøde til efterlivet. I Japan har man nemlig en traditionel opfattelse af, at døden er beskidt, og derfor har folk, der har beskæftiget sig med død historisk set oplevet social udstødelse.
Nogle buddhistiske retninger kræver, at ceremonien strækker sig over længere tid, og nogle gange vil de efterladte skulle deltage i ritualer de første syv dage og herefter hver syvende dag i helt op til 49 dage efter dødsfaldet. Dette skyldes, at man er af den overbevisning, at ens sjæl vil gennemgå i alt syv prøver - en hver syvende dag - så det derfor først er på den 49. dag, man vil finde genfødt, af hvilken grund man har brug for sine efterladtes støtte. På grund af tidsmangel vil mange dog kunne nøjes med to ceremonier på den 7. og 49. dag alene. Det er ellers almen skik, at man til nytår sender kort med hilsner til folk i Japan, men ikke hvis nogen i løbet af året har været berørt af et dødsfald. Det er også almindeligt blandt japanere, at man tager forbi et gravsted for at mindes sine afdøde slægtninge - eksempelvis på deres fødselsdag eller dødsdag, men ellers er der også flere dage i løbet af året, hvor de fleste japanere besøger familiegravsteder, hvilket blandt andet drejer sig om Obon, der netop er en festival dedikeret til afdøde.
En japansk grav består af et vertikalt stenmonument med skrift, hvor der er plads til at efterladte kan sætte blomster og antænde røgelse, der altså er et gennemgående element, fordi man mener, at den jordiske og åndelige verden forbindes via røgen, der således gør det muligt for ens bønner at nå frem til de afdøde som en slags spirituel frekvens. For at bevare en grav er det nødvendigt, at man betaler leje, for ellers vil den blive nedlagt og erstattet med en ny. For at få anlagt en grav skal man desuden betale i omegnen af 2 millioner yen, hvilket har ført til alternative gravsteder med billigere løsninger i det moderne Japan - såsom fællesgrave og urnepladser med en abonnementsløsning. Ens aske er desuden ikke i sikkerhed i et gravsted, for der har været op til flere sager i Japan, hvor kendte mennesker har fået stjålet deres jordiske rester, og så har forbuddet mod kistebegravelser ført til protester fra trossamfund, hvor dette er en del af deres religion.